数据集概述
本数据集记录了芸苔属植物Brassica rapa在实验干旱条件下的基因组进化研究数据，包含祖先与后代种群的基因组测序结果、表型数据及分析文件，用于探究干旱选择下的遗传平行性与适应性进化机制，共8个文件。
文件详解
- 文档类文件
- 文件名称：README_Johnson_et_al_2022_JEB.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：Johnson等人2022年发表于《Journal of Evolutionary Biology》的手稿说明文档
- 数据类文件
- 文件名称：Johnson_et_al_2022_Evolution_individuals_data.xlsx、Johnson_et_al_2022_Evolution_individuals_data.csv
- 文件格式：XLSX、CSV
- 字段映射介绍：包含种群（Population）、处理方式（Treatment）、萌发时间（Germ_time）、开花时间（FT）、叶面积（Leaf_area）等表型数据字段
- 文件名称：Atha__v__Brap.tsv
- 文件格式：TSV
- 字段映射介绍：包含拟南芥（Atha）与Brassica rapa（Brap）的基因直系同源群（Orthogroup）映射关系
- 文件名称：brassica.poolsize
- 文件格式：POOLSIZE
- 字段映射介绍：BayPass模型运行时使用的各种群倍性数量列表
- 文件名称：brassica.covariates
- 文件格式：COVARIATES
- 字段映射介绍：编码种群是否为祖先或后代的协变量文件
- 文件名称：bam.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：fais_baypass.py脚本使用的BAM文件名称列表
- 文件名称：TruSeq3-PE-2.fa
- 文件格式：FA
- 字段映射介绍：Trimmomatic软件用于修剪reads的适配器序列文件
数据来源
论文“Rapid, nonparallel genomic evolution of Brassica rapa (field mustard) under experimental drought”
适用场景
- 植物基因组进化研究: 分析干旱条件下Brassica rapa的基因组变异与适应性进化模式
- 干旱适应性机制分析: 探究非平行遗传进化与表型响应的关联
- 基因功能注释: 利用拟南芥与Brassica rapa的同源基因映射关系进行功能注释
- 群体遗传学分析: 通过BayPass模型输入文件开展种群遗传结构与选择压力研究
- 表型-基因型关联分析: 结合表型数据与基因组数据解析干旱响应的遗传基础
