数据集概述
本数据集包含论文《Joint species-trait distribution modelling: The role of intraspecific trait variation in community assembly》的配套数据与分析脚本。核心数据为Kilpisjarvi地区植物群落的物种存在-缺失、多度及性状(叶面积、比叶面积等)数据,通过HMSC框架构建联合模型,探讨种内性状变异在群落组装中的作用,支持模型复现、交叉验证及情景预测。
文件详解
- 数据文件(CSV格式,共12个)
- 核心数据:
Kilpisjarvi_plant_data.csv,含样地、物种、经纬度、叶面积、比叶面积等植物群落及性状数据
- 图表数据:
figure2Cdata.csv、figure3Bdata.csv等,对应论文各图表的数值数据
- 分析脚本(R格式,共7个)
- 模型定义:
S1_define_JSTDM_models.R,定义HMSC框架下的零模型与环境模型
- 模型拟合:
S2_fit_models.R,拟合模型并输出结果文件
- 结果可视化:
S3_plot_Omega_matrices.R、S6_show_conditional_cross_validation_results.R等,生成论文图表
- 交叉验证:
S5_conditional_cross_validation.R,执行10折交叉验证
- 情景预测:
S7_scenario_predictions.R,进行群落组装情景模拟
- 说明文档
README.docx,解释如何复现论文中的分析流程
数据来源
论文《Joint species-trait distribution modelling: The role of intraspecific trait variation in community assembly》
适用场景
- 群落生态学研究:分析种内性状变异对群落组装过程的影响机制
- 生态模型验证:利用交叉验证脚本评估联合物种-性状模型的预测能力
- 环境情景模拟:通过情景预测脚本模拟不同环境下的植物群落动态
- 性状-多度关系分析:探究植物性状与群落多度分布的关联模式
- 生态数据可视化:基于图表数据复现或扩展论文中的群落生态分析结果