数据集概述
本数据集通过靶向重测序技术，分析非洲寄生蜂Cotesia sesamiae及其近缘种C. typhae的茧蜂病毒基因组分化机制。包含24个样本的基因测序数据，聚焦茧蜂病毒与宿主互作的关键基因组区域，通过遗传多样性、分化指数及选择压力分析，识别出6个受正选择的分化基因，揭示寄生蜂宿主适应性与特化的分子基础。
文件详解
- 数据文件
- 文件名称：Cotesia_sesamiae_Cotesia_typhae_whole_bracovirus_alignment.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：包含Cotesia sesamiae和C. typhae全茧蜂病毒基因组序列比对数据
- 表格文件
- 文件名称：Population_genetics_statistics.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：存储种群遗传统计数据，可能包括多样性（π）、分化指数（FST、dxy）等关键指标
- 文本文件
- 文件名称：coverage_deletion.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：记录每个样本BAM文件中各位置的覆盖度测量值，基于reads_cleaning_mapping_filtering.txt脚本处理结果
- 文件名称：evaluation_cumulative_curves.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含评估累积曲线相关数据
- 文件名称：consensus_phylogeny_dnds.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：存储共识系统发育及dN/dS分析结果
- 文件名称：populations_diversity_fst_dxy.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：记录种群多样性、FST和dxy分化指数数据
- 文件名称：reads_cleaning_mapping_filtering.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含reads清洗、比对和过滤的脚本或过程记录
数据来源
论文“Genetic footprints of adaptive divergence in the bracovirus of Cotesia sesamiae identified by targeted resequencing”
适用场景
- 寄生蜂-宿主互作机制研究: 分析茧蜂病毒基因在寄生蜂宿主范围分化中的作用
- 生物进化适应性分析: 利用遗传多样性、分化指数及选择压力数据，研究寄生蜂种群分化的分子机制
- 病毒基因组进化研究: 通过茧蜂病毒基因组序列比对，探讨病毒基因家族的进化动态
- 分子生态学应用: 基于种群遗传数据，分析寄生蜂种群结构与宿主适应性的关联
- 基因功能注释: 识别受正选择的分化基因，预测其在宿主适应与特化中的功能
