数据集概述
本数据集围绕盔形溞（Daphnia galeata）对鱼类信息素诱导的捕食者响应展开，包含差异基因表达分析、基因共表达网络分析及直系同源分析结果，涉及125个候选转录本，为探究其捕食者诱导响应的分子机制与进化保守性提供数据支持。
文件详解
- 说明文档：
- Readme_Tams2020EcolEvol.txt：文本格式，数据集整体说明文档
- Appendix1.pdf：PDF格式，附录1文档
- Appendix3_ClusterDendrogramTraits.pdf：PDF格式，聚类树状图与性状关联附录
- Appendix4_EigengeneTraits.pdf：PDF格式，特征基因与性状关联附录
- 原始数据文件：
- 13_M6_f_count.tab、6_M9_c_count.tab等12个.tab格式文件：转录本计数数据，对应不同克隆系（M6/M9）与实验条件（c为对照、f为信息素处理）
- traits.csv：CSV格式，性状数据，字段包括samplename（样本名）、genotype（基因型）、environment（环境）
- 分析结果文件：
- Appendix2_DETs125.xlsx：Excel格式，125个差异表达转录本（DETs）附录
- Appendix5_unique_GO_predationrisk.xlsx：Excel格式，捕食风险相关的独特GO术语附录
- Appendix6_unique_GO_genotype.xlsx：Excel格式，基因型相关的独特GO术语附录
- orthomcl_daphnia_orthology_okayset.txt：文本格式，溞属直系同源基因数据
- Dgal_GOs.txt：文本格式，盔形溞基因本体（GO）注释数据
- 分析脚本文件：
- 3_Tams_GSEA_DaphniaFishKairomones.Rmd、2_Tams_GeneNetwork_DaphniaFishKairomones.Rmd等5个.Rmd格式文件：R语言分析脚本，涉及基因富集分析、基因网络构建等
适用场景
- 进化生物学研究：分析溞属捕食者诱导响应相关基因的进化保守性
- 水生生态学研究：探究鱼类信息素对盔形溞生活史性状的分子调控机制
- 功能基因组学研究：挖掘盔形溞应对环境胁迫的关键候选基因及其功能
- 生物信息学方法应用：验证差异基因表达、基因共表达网络等分析方法在浮游动物研究中的适用性
