数据集概述
本数据集围绕欧亚大陆三种主要致病莱姆病螺旋体（Borrelia afzelii、Borrelia bavariensis、Borrelia garinii）的PFam54基因阵列遗传多样性展开，包含相关分析的原始输入与输出数据，为研究PFam54旁系同源基因的重要性提供支持。
文件详解
该数据集包含多个目录和文件，具体说明如下：
- 根目录文件：
- README.txt：数据集说明文档，介绍文件夹与文件的组织及内容
- HyPhy目录：
- PFam54_absrel_out_run_7.json：选择分析结果文件（JSON格式）
- pfam54_tree_candidate_branches_run_7.pdf：PFam54基因树PDF文件，展示测试分支
- Lp54_Sequences目录：
- 包含多个FASTA格式文件，如A91S_lp54.fasta、J15_lp54.fasta等，为各分离株的lp54序列
- PFam54目录：
- 包含多个FASTA格式文件，如BgVir_PF54.fasta、JAASAAM1104_PF54.fasta等，为PFam54序列；以及.out格式文件，如PF54toJ15_check.out等，为检查输出文件
- Phylogenies目录：
- PFam54子目录：包含系统发育分析相关文件，如clear_checked_180521_woStop_aligned.nexus（比对序列文件）、subtree_codon_run1_200921.con.tre（进化树文件）等
- Lp54子目录：包含Run1、Run2、Run3子目录，为系统发育分析的不同运行结果文件，如alllp54_woOut_mb1.ckp、alllp54_woOut_mb1.pstat等
适用场景
- 分子遗传学研究：分析莱姆病螺旋体PFam54基因的遗传多样性与进化特征
- 系统发育分析：基于基因序列数据构建莱姆病螺旋体的进化树，探究物种间亲缘关系
- 选择压力研究：利用选择分析结果，研究PFam54基因在进化过程中的选择压力
- 莱姆病致病机制研究：探索PFam54旁系同源基因对莱姆病螺旋体致病性的影响
