数据集概述
本数据集为《全球结直肠癌和泌尿道癌发病率地理差异与人群暴露于产colibactin大肠杆菌的关联》研究的组成部分，包含13个相关文件，涉及产colibactin大肠杆菌的基因组数据、癌症发病率统计、分析脚本及可视化结果等，用于支撑该研究的数据分析与结果呈现。
文件详解
- 数据文件
data_fig1.tsv（TSV格式）：包含国家缩写、结直肠癌/膀胱癌/前列腺癌发病率、ST73/ST95大肠杆菌宏基因组检测率等字段fig1b_tree_metadata.tsv（TSV格式）：包含大肠杆菌基因组组装编号、序列类型（ST）、系统发育群、pks基因状态等字段toxin_production_genes_in_Nissle1917.tsv（TSV格式）：涉及Nissle1917菌株毒素产生基因的相关数据st73_st95_infant_microbiome_positives.tsv（TSV格式）：记录婴儿 microbiome 中ST73/ST95型大肠杆菌阳性情况cancer figure data.xlsx（XLSX格式）：癌症相关图表数据- 分析脚本与运行文件
plot_fig1_a_c.R（R格式）：图1a-c的绘图脚本run_veryfasttree2.job（JOB格式）：VeryFastTree2分析的运行任务文件- 可视化与结构文件
fig1.svg、fig2.svg（SVG格式）：研究相关的可视化图表fig1b_tree.nwk（NWK格式）：系统发育树结构文件fig1b_tree_sites.aln.gz（GZ格式）：序列比对文件fig1b_microreact_project.microreact（MICROREACT格式）：Microreact项目文件- 压缩文件
infant_microbiome_slurm_scripts.tar.gz（GZ格式）：婴儿 microbiome 分析脚本压缩包
数据来源
Lancet Microbe 2024年12月5日发表的研究“Geographical variation in the incidence of colorectal cancer and urinary tract cancer is associated with population exposure to colibactin-producing Escherichia coli”
适用场景
- 癌症流行病学研究：分析结直肠癌、泌尿道癌发病率的地理差异与产colibactin大肠杆菌暴露的关联
- 微生物组与癌症关联分析：探究特定大肠杆菌菌株（如ST73、ST95）在不同人群中的分布及其与癌症风险的关系
- 细菌基因组学研究：基于基因组数据解析产colibactin大肠杆菌的系统发育特征与毒力基因分布
- 公共卫生政策制定：为不同地区癌症防控策略的制定提供微生物暴露相关的科学依据
- 医学数据分析：支撑微生物暴露与癌症发生机制的深入研究与验证
