数据集概述
本数据集围绕地衣真菌Lasallia pustulata沿地中海海拔梯度的适应性分化展开，包含6个种群的基因组重测序数据及分析结果。通过检测高度分化的基因组区域、基因-环境关联，并结合生理实验验证，揭示其适应不同生物气候条件的遗传基础，涉及应激响应、环境适应及有性生殖相关基因。
文件详解
- 基因组分化与群体遗传分析文件
- 文件名称：
subsampled_filtered.p123456.fst、05topquantile_filtered.p123456.fst等（共4个.fst文件）
- 文件格式：FST（群体分化指数文件）
- 字段映射介绍：记录不同种群间的遗传分化程度，用于识别受选择的基因组区域
- 基因特征与功能注释文件
- 文件名称：
all_SNPs_features_genic_promoter.txt、GOs_5742genes_topGO.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含SNP所在基因组特征（如CDS、启动子）、基因ID、功能注释（GO术语）等信息
- 群体遗传参数文件
- 文件名称：
Tajima_D_10Kbp_P123456、theta_10Kbp_P123456
- 文件格式：无扩展名
- 字段映射介绍：记录10Kbp窗口内的Tajima's D、Theta等群体遗传参数，反映种群历史动态
- 序列比对与基因型数据文件
- 文件名称：
Alignments_6_loci.fasta、filtered.p123456.sync.zip
- 文件格式：FASTA、ZIP
- 字段映射介绍：包含6个基因座的序列比对结果，以及种群基因型同步数据
- 基因结构注释文件
- 文件名称：
Lpus_genes_Ascomycota_ALLFEATURES.gtf
- 文件格式：GTF
- 字段映射介绍：记录Lasallia pustulata的基因结构信息，包括外显子、CDS区域等
数据来源
论文“Adaptive differentiation coincides with local bioclimatic conditions along an elevational cline in populations of a lichen-forming fungus”
适用场景
- 地衣真菌适应性进化研究：分析Lasallia pustulata沿海拔梯度适应不同气候条件的遗传机制
- 基因组选择信号检测：利用FST、Tajima's D等参数识别受自然选择的基因区域
- 基因-环境关联分析：结合环境数据探究遗传变异与生物气候因子的相关性
- 地衣真菌功能基因组学研究：通过GO注释解析适应性相关基因的生物学功能
- 种群遗传学分析：研究地衣真菌种群的遗传结构、历史动态及分化过程
