数据集概述
本数据集为景观遗传学研究中提出的最小成本样带分析(LCTA)方法的配套数据,包含濒危豆娘(Coenagrion mercuriale)的遗传数据、景观解释变量、坐标信息及LCTA方法的Python脚本等,用于验证该方法在景观遗传建模中的有效性,对比传统方法的优势。
文件详解
- 文档类文件(.txt格式,共5个)
README_for_Explanatory_variables_mh_Agriculture_sf_15.txt:解释变量数据说明文档
README_for_Pairwise_Fst.txt:成对遗传距离数据说明文档
README_for_LCTA_v1-2.txt:LCTA方法脚本说明文档
README_for_Individual_genotypes.txt:个体基因型数据说明文档
README_for_Coordinates.txt:坐标数据说明文档
- 数据类文件(.csv格式,共4个)
Pairwise_Fst.csv:包含Deme1(种群1)、Deme2(种群2)、Fst(遗传分化指数)字段的成对遗传距离数据
Individual_genotypes.csv:包含Deme(种群)及多个基因位点(如BV012675、BV012679等)基因型数据的个体遗传信息表
Explanatory_variables_mh_Agriculture_sf_15.csv:景观解释变量数据
Coordinates.csv:种群坐标数据
- 压缩包文件(.zip格式,共1个)
LCTA_v1-2.zip:包含实现LCTA方法的Python脚本及对应说明文件的压缩包
数据来源
论文“A new analytical approach to landscape genetic modeling: least-cost transect analysis and linear mixed models”
适用场景
- 景观遗传学建模方法验证: 用于测试和验证LCTA方法在量化景观对种内遗传结构影响的有效性
- 濒危物种遗传分析: 基于豆娘(Coenagrion mercuriale)的遗传数据,研究其种群遗传分化与景观因素的关系
- 景观遗传数据分析方法对比: 对比LCTA方法与传统最小成本路径、有效距离等方法的分析结果差异
- 生态遗传模型开发: 利用线性混合模型框架,构建景观因素与遗传距离的关联模型
- 生物信息学脚本应用: 基于LCTA方法的Python脚本,开展景观遗传数据的自动化分析