lemur工具包装测试数据集

数据集概述

本数据集是为Galaxy平台中tools-iuc仓库的lemur工具提供的测试数据,基于调整后的R脚本生成,用于支持lemur工具的功能验证与运行测试。

文件详解

  • 文档文件(PDF格式,共6个):
  • gene_umap.pdf、chr_scatter.pdf、gene_hist.pdf、tumor_umap.pdf、volcano.pdf、umap.pdf:可视化结果文件,展示基因、肿瘤相关的UMAP分布、散点图、直方图及火山图等
  • 数据文件(TSV格式,共2个):
  • de_results.tsv:差异表达分析结果表,包含name、n_cells、sel_statistic、pval、adj_pval、f_statistic、df1、df2、lfc等字段
  • tumor_neigh.tsv:肿瘤邻域分析结果表,包含name、neighborhood、n_cells、sel_statistic、pval、adj_pval等字段
  • 其他文件(RDS格式,共1个):
  • glioblastoma_example_data.rds:胶质母细胞瘤示例数据文件

适用场景

  • 生物信息学工具测试:验证lemur工具在Galaxy平台中的功能完整性与运行稳定性
  • 单细胞数据分析方法验证:基于示例数据测试多条件单细胞数据分析流程
  • 差异表达分析验证:通过测试数据检验差异表达基因的计算逻辑
  • 可视化结果验证:核对UMAP、火山图等单细胞数据可视化结果的准确性
  • 邻域分析方法测试:验证肿瘤细胞邻域相关分析的算法实现
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数据与资源

附加信息

字段
作者 Maxj
版本 1
数据集大小 12.11 MiB
最后更新 2025年12月13日
创建于 2025年12月13日
声明 当前数据集部分源数据来源于公开互联网,如果有侵权,请24小时联系删除(400-600-6816)。