数据集概述
本数据集围绕立克次体属的系统发育研究，包含核心基因组与附属基因组的多类型序列比对文件、基因直系同源群数据、16S rRNA序列及补充图表等，用于探究其进化历史是否符合树状结构，为细菌进化研究提供数据支持。
文件详解
- 核心基因组比对文件：
- core genome alignment - 3rd codon positions.nex（.nex格式）：核心基因组第3位密码子位点的序列比对文件
- core genome alignment - 1st & 2nd codon positions.nex（.nex格式）：核心基因组第1、2位密码子位点的序列比对文件
- core genome alignment - indels.nex（.nex格式）：包含插入缺失的核心基因组比对文件
- 附属基因组比对文件：
- accessory genes alignment- presence absence with truncated genes as present.nex（.nex格式）：截断基因计为存在的附属基因有无比对文件
- accessory genes alignment- presence absence with truncated genes as absent.nex（.nex格式）：截断基因计为缺失的附属基因有无比对文件
- 基因序列文件：
- 16S rRNA alignment.fasta（.fasta格式）：16S rRNA序列比对文件
- Rickettsia symbiont of Adalia bipunctata scaffolds.fasta（.fasta格式）：二星瓢虫立克次体共生体的 scaffolds 序列文件
- Representatives of orthology groups.fasta（.fasta格式）：直系同源群代表序列文件
- 表格与文档文件：
- Rickettsia gene orthology groups.csv（.csv格式）：立克次体基因直系同源群数据，包含不同菌株的基因归属信息
- Supplementary Tables.xlsx（.xlsx格式）：补充表格文件
- Supplementary Figures.pdf（.pdf格式）：补充图表文件
适用场景
- 细菌进化研究：分析立克次体属的系统发育关系及进化模式
- 基因组学分析：探究核心基因组与附属基因组的进化信号差异
- 系统发育方法验证：测试不同进化信号（如密码子位点、基因有无）对树构建的影响
- 微生物生态学研究：辅助理解立克次体与宿主的共生进化机制
