数据集概述
本数据集围绕谱系特异性速率对分子系统发育中分歧时间估计的影响展开研究，对比谱系特异性速率、残余速率及基因特异性速率的作用差异，验证谱系特异性速率导致的估计误差无法通过增加基因座采样消除，并提供模拟实验及实证分析支持。
文件详解
- 代码文件
- 文件名称：ALT_simple_heterogeneity_script.Rev、COMP_dirichlet_heterogeneity.Rev等20个.rev文件，simulation_study_version_five.py等6个.py文件，simulate_tree.R等7个.R文件
- 文件格式：.rev、.py、.R
- 字段映射介绍：包含模拟实验脚本、分歧时间估计分析代码、速率异质性建模程序，实现谱系特异性速率模拟、贝叶斯框架下的推断及误差评估功能
- 文档文件
- 文件名称：Supplementary_Appendix_Tables_Figure.docx、READ_ME.txt
- 文件格式：.docx、.txt
- 字段映射介绍：补充附录含研究相关表格与图表；README文件提供模拟实验操作说明
- 其他文件
- 文件名称：ALT_three_taxon_tree.tre
- 文件格式：.tre
- 字段映射介绍：三分类群树结构文件，用于模拟实验中的系统发育树构建
适用场景
- 分子系统发育研究：分析谱系特异性速率对分歧时间估计的影响机制，优化分子钟模型
- 进化生物学误差评估：验证不同速率变异类型（谱系、残余、基因特异性）导致的估计误差差异
- 贝叶斯推断方法改进：探究先验设置对谱系特异性速率相关误差的敏感性，优化先验模型
- 基因组数据应用评估：评估基因组尺度多位点数据对分歧时间估计误差的缓解效果
- 实证数据对比分析：将模拟实验结果与被子植物番薯属（Ipomoea）实证数据结合，验证速率变异的实际影响
