数据集概述
本数据集围绕多年生黑麦草(Lolium perenne L.)的气候适应性展开,整合基因型、表型与气候关联分析结果。通过GEA-GWAS和新的典范相关分析(CANCOR)方法,识别出与气候梯度相关的适应性基因位点及表型响应,同时包含优化后的基因注释信息,为植物应对气候变化的育种研究提供支持,共包含3个文件。
文件详解
- DataS1.csv
- 文件格式:CSV
- 字段映射介绍:包含多年生黑麦草基因组中多个scaffold位点的基因数据,具体字段为以"scaffold_xxx"命名的基因位点列,记录各基因位点的相关信息。
- TablesS1-S8.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:包含8个表格的汇总数据,推测涵盖GEA-GWAS结果、CANCOR分析的异常位点信息、基因注释详情、表型与气候关联统计等研究相关的结构化数据。
- adegenet_reduced.RData
- 文件格式:RData
- 字段映射介绍:适用于R语言adegenet包的简化数据对象,包含用于基因分析的预处理数据,支持后续的群体遗传与适应性分析。
数据来源
论文“Canonical correlations reveal adaptive loci and phenotypic responses to climate in perennial ryegrass”
适用场景
- 植物气候适应性基因定位: 分析多年生黑麦草中与气候梯度相关的适应性基因位点,探究其表型响应机制。
- 植物育种应用: 为多年生黑麦草应对气候变化的定向育种提供基因位点选择依据。
- 基因关联分析方法验证: 基于CANCOR方法的结果,验证典范相关分析在多源数据整合中的有效性。
- 植物表型与气候互作研究: 结合表型数据与气候变量,研究植物表型对环境选择压力的响应模式。