数据集概述
本数据集为芦笋（Asparagus officinalis）基因组中转座子（TEs）的分析数据，基于男女芦笋基因组的Illumina HiSeq2000测序及生物信息学分析生成。数据包含17 Gb序列（12×覆盖度），组装为163,406个 scaffolds（总长400 Mbp，约占芦笋基因组30%），其中转座子约占组装序列的53%，主要为LTR逆转录转座子。
文件详解
- README_for_scafSeq_TE_annotation.fasta.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含数据说明文档，涉及数据来源机构（河南师范大学生命科学学院）、联系人信息、关联出版物信息，以及scafSeq_TE_annotation.fasta文件的内容说明（RepeatMasker识别为转座子的scaffold序列信息）
- scafSeq_TE_annotation.fasta.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：压缩包内包含fasta格式文件，记录经de novo组装且被RepeatMasker识别为转座子的scaffold序列，每个序列对应一个scaffold，序列头部含相关注释信息
数据来源
河南师范大学生命科学学院；论文“Analysis of transposable elements in the genome of Asparagus officinalis from high coverage sequence data”
适用场景
- 植物基因组转座子研究：分析芦笋基因组中转座子的组成、类型及分布特征
- 雌雄植物基因组比较：对比雌雄芦笋基因组中转座子的丰度差异，探究性别染色体进化机制
- 植物性别决定机制研究：识别与植物性别染色体早期进化相关的转座子元件
- 芦笋分子育种：为芦笋基因组功能研究及分子育种提供转座子相关的基础数据支持
