数据集概述
该数据集包含研究论文《Phylogenomics reveal widespread ancient hybridization in the evolution of Lychnophorinae》的相关数据、脚本及图表，涉及系统基因组学分析、进化树构建与比较等内容，为复现研究结果提供支持。
文件详解
数据集为单一压缩包文件，内部包含多个子目录，具体如下：
- 文件名称：lychnophorinae-reticulation-main.zip
- 文件格式：ZIP压缩包
- 内部目录结构：
- alignments：存放用于分析的比对文件，按phyluce和HybPiper组装方法分类
- assembly_comparisons：包含绘制附录图表的R脚本、数据文件及PDF图表
- PhyloNetworks：存放7项PhyloNetworks分析的输入输出文件、通用脚本、图4I绘图脚本及TICR检验p值
- QuartetSampling：包含QS分析所需的物种树、串联比对文件、输出文件及Fig 3基础文件
- tree_comparisons：包含生成Fig 2及补充图表的脚本、数据文件及PDF图表
- trees：存放所有生成的进化树，按组装方法分类
适用场景
- 系统基因组学研究：复现Lychnophorinae进化中的古代杂交分析
- 进化生物学分析：利用PhyloNetworks和QuartetSampling结果研究物种网状进化关系
- 生物信息学方法验证：测试进化树比较、四分体抽样等分析流程的有效性
- 植物分类学研究：基于系统发育树结果探讨Lychnophorinae类群的分类地位
