数据集概述
本数据集由Maine-eDNA参考序列库研究组提供，包含构建缅因湾区域eDNA参考序列库的核心资源，涵盖物种列表、参考序列文件、数据库构建脚本及元数据说明，支持研究人员利用eDNA工具开展缅因湾及周边区域的生物研究。
文件详解
- RoughWorkflow.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容介绍：包含NCBI数据抓取脚本、脚本配置文件及genbankr版本文件，适用于基于短物种列表构建参考数据库（耗时较长）
- 12S_REFDB.fasta
- 文件格式：FASTA
- 内容介绍：符合DADA2标准的12S序列参考库，基于GNRMaineSpecies_May2024物种列表构建
- COI_REFDB.fasta
- 文件格式：FASTA
- 内容介绍：符合DADA2标准的COI序列参考库，基于GNRMaineSpecies_May2024物种列表构建
- SpeciesListMeta_Shareable.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 内容介绍：描述GNRMaineSpecies_May2024.csv和GNRMaineTaxonomiedSpecies_May2024.csv的物种来源，包括公共数据集、Maine-eDNA研究人员及合作者提供的信息
- GNRMaineSpecies_May2024.csv
- 文件格式：CSV
- 字段介绍：包含user_supplied_name（用户提供名称）、submitted_name（提交名称）、data_source_id（数据源ID）、matched_name2（匹配名称）、classification_path（分类路径）等字段，为缅因及周边区域物种列表经taxize的gnr_resolve处理后的完整结果
- GNRMaineTaxonomiedSpecies_May2024.csv
- 文件格式：CSV
- 字段介绍：包含user_supplied_name、submitted_name、classification_path等字段，为缅因及周边区域物种列表经taxize的gnr_resolve处理后，可解析出分类信息的物种子集
数据来源
Maine-eDNA Reference Library Research Group
适用场景
- eDNA参考数据库构建：利用脚本和物种列表构建缅因湾区域的12S、COI基因eDNA参考序列库
- 海洋生物多样性监测：通过参考序列库比对分析缅因湾eDNA样本中的物种组成
- 物种分类学研究：基于解析后的物种分类信息，开展缅因及周边区域物种的分类学验证
- eDNA技术应用优化：测试不同数据库构建流程（如短/长物种列表）对eDNA分析结果的影响
- 研究数据溯源：通过元数据文件追溯物种列表的原始来源，确保研究数据的可重复性
