数据集概述
本数据集包含使用Maker工具进行真核生物基因组注释的输入与输出数据,涵盖基因组序列、注释结果、统计报告及训练模型等23个文件,为基因组功能注释研究提供完整数据支持。
文件详解
该数据集由多种类型文件组成,具体说明如下:
- 基因组序列与注释文件:
- genome.fasta:FASTA格式,基因组原始序列文件
- cds.fasta、gffread_cds.fasta、gffread_exons.fasta:FASTA格式,编码序列及外显子序列文件
- map_annotation_ids.gff3:GFF3格式,注释ID映射文件
- BUSCO评估文件:
- BUSCO_short_summary_01.txt至04.txt:TXT格式,BUSCO注释完整性评估摘要
- BUSCO_full_table_01.tabular:TABULAR格式,BUSCO完整评估结果表
- BUSCO_missing_orthologs_01.tabular:TABULAR格式,缺失直系同源基因信息
- 统计与报告文件:
- genome_annotation_statistics_summary_02.txt:TXT格式,注释统计摘要
- genome_annotation_statistics_graphs_01.pdf至03.pdf:PDF格式,注释统计图表
- fasta_statistics.tabular:TABULAR格式,FASTA序列统计数据
- jbrowse_report.zip:ZIP格式,JBrowse可视化报告压缩包
- 训练模型文件:
- augus_trained_model.augustus:AUGUSTUS格式,Augustus训练模型
- SNAP_trained_model.snaphmm:SNAP格式,SNAP训练模型
适用场景
- 基因组学研究:真核生物基因组功能注释结果分析与验证
- 生物信息学分析:基因组注释工具性能评估与模型训练
- 分子生物学研究:编码序列与蛋白质功能预测
- 生物数据可视化:基因组注释结果的可视化展示与报告生成
- 统计建模:基因组注释统计模型构建与验证