数据集概述
本数据集包含考古（Oncorhynchus属）与现代（Salmo salar）鱼类骨胶原的MALDI-TOF质谱数据及相关序列信息，含样本信息CSV、质谱文本文件压缩包、胶原序列比对FASTA及注释GFF文件，共6个文件，用于生物考古领域的物种鉴定与胶原特征分析。
文件详解
- 样本信息文件
- 文件名称：file-information.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含Lot Number (York)、Sample ID (Archeological)、Species、Common Name、MALDI Spectra Averaged Uploaded to Zonodo等字段，关联样本物种信息与质谱文件
- 质谱数据压缩包
- 文件名称：maldi-data.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：包含Bruker Ultraflex II仪器采集的m/z 800-3500范围质谱数据，经mMass平均后的3次技术重复，以制表符分隔的TXT文件存储
- 序列比对文件
- 文件名称：Collagen-sequence-alignment.fasta
- 文件格式：FASTA
- 内容说明：包含牛参考胶原序列及Salmo salar、O. mykiss的COL1A1、COL1A2、COL1A3序列（牛为COL1A1、COL1A2、COL1A1）的比对结果
- 注释文件
- 文件名称：Ssalar_COL1A1_annotated.gff、Ssalar_COL1A2_annotated.gff、Ssalar_COL1A3_annotated.gff
- 文件格式：GFF
- 内容说明：共3个文件，对应Salmo salar版本1的COL1A1、COL1A2、COL1A3胶原蛋白序列，注释已发表哺乳动物标记及本研究提出的生物标志物位置
适用场景
- 生物考古物种鉴定：通过骨胶原质谱特征区分考古鱼类与现代鱼类样本
- 胶原序列进化分析：对比不同物种胶原序列（COL1A1/COL1A2/COL1A3）的差异与保守区域
- 质谱生物标志物开发：基于注释GFF文件挖掘鱼类骨胶原的特异性质谱标志物
- 考古样本溯源研究：结合样本信息与质谱数据，分析考古鱼类样本的物种归属与年代特征
