数据集概述
本数据集围绕坦桑尼亚中部180公里样带内城乡多乳头鼠(Mastomys natalensis)的种群遗传结构展开,包含515个个体的15个微卫星基因座分型数据,以及STRUCTURE聚类、Circuitscape景观连通性、IMa2隔离迁移模型的分析文件,揭示城乡种群在基因流背景下的遗传分化特征。
文件详解
- IMa2 commands.txt(TXT格式):记录IMa2软件M和L模式下10次独立运行的命令,含随机种子参数设置。
- Microsatellite data.xls(XLS格式):515个多乳头鼠个体的15个微卫星基因座分型原始数据。
- Parameter settings for STRUCTURE clustering analyses.txt(TXT格式):STRUCTURE聚类分析的参数配置文件。
- Field data Gryseels et al. Rodent urban-rural genetic contrast.xlsx(XLSX格式):野外采样数据,含10个样点的种群地理与样本信息。
- Landscape Costs.xls(XLS格式):景观连通性分析的成本数据,用于Circuitscape模型。
- IMa2 input file.txt(TXT格式):IMa2软件的输入文件,包含种群遗传分化分析的基础数据。
数据来源
论文“Genetic distinction between contiguous urban and rural multimammate mice in Tanzania despite gene flow”
适用场景
- 种群遗传学研究:分析城乡多乳头鼠种群的遗传结构、分化程度及基因流模式。
- 景观遗传学分析:结合景观成本数据,探究地理与环境因素对种群遗传分化的影响。
- 进化模型验证:利用IMa2模型推断城乡种群的分化时间、有效种群密度及迁移方向。
- 疾病传播风险评估:为多乳头鼠作为 zoonotic 疾病宿主的城乡传播机制研究提供遗传背景数据。