数据集概述
本数据集包含美国养殖白尾鹿慢性消耗性疾病（CWD）的基因组预测研究数据，涉及807只白尾鹿的123,987个过滤SNP位点分析，验证了PRNP基因及其他位点的风险关联，提供≥0.81的基因组预测准确率，为CWD根除计划奠定基础。
文件详解
- 核心数据文件:
- 807WTD_DRYAD.csv: CSV格式，包含样本ID、GeneralRegion（地理区域）、Sex（性别）、Age_OG（原始年龄）、CMS_CWDScore（CWD评分）、CWD_Binary（CWD阴阳）及多个SNP位点数据。
- 807WTD_MarkerMap.csv: CSV格式，字段包括Variant（变异位点）、Chromosome（染色体）、Position（位置），记录SNP位点的染色体定位信息。
- 多个CSV格式分析结果文件（如AF15_K3_CenteredBinary_SexAgeGenRegion_NoDosComp_WithX_MT.csv）: 基于不同协变量（性别、年龄、地理区域）和分析方法的CWD表型数据。
- 统计与报告文件:
- 多个XLSX格式文件（如AF5_EMMAXCWDScores_SexAgeGenRegionFullDosage_WithX_MT.xlsx）: EMMAX关联分析结果，包含P值、表型方差解释比例等。
- 多个PNG格式文件（如AF1_EMMAX_P-P_WithX_MT_FullDosage_CWDBinary_NoCovariates.png）: P-P图，展示观察P值与期望P值的对应关系。
- VarianceComponents807WTD.txt: TXT格式，记录表型（CWD_Binary）、分析方法（EMMAX）、亲缘矩阵等信息。
- 文档与代码文件:
- ReadMe_v2.txt: TXT格式，补充数据说明，包含分析变量（Binary/CWDScores）、协变量使用情况等。
- AF30DocumentationFor_affy_choose_snps.docx: DOCX格式，Affymetrix SNP位点选择的文档说明。
- affy_choose_snps.py: PY格式，SNP位点选择的Python代码。
- 压缩文件:
- Supplemental_Seabury.zip: ZIP格式，补充数据压缩包。
适用场景
- 动物遗传学研究: 分析白尾鹿CWD易感性的遗传机制及PRNP基因外的风险位点。
- 疾病防控研究: 基于基因组预测准确率，探索CWD根除计划的可行性。
- 基因组学方法应用: 验证GBLUP、k-fold交叉验证在动物疾病预测中的效果。
- 野生动物疾病管理: 为美国养殖白尾鹿CWD的分子诊断和防控策略提供数据支持。
