数据集概述
本数据集提供甘蔗蚜（Melanaphis sacchari）的染色体级别基因组组装与注释数据，包含356.1 Mb基因组序列（其中85.5%位于3条常染色体和X染色体）、16.29%重复序列注释、12,350个蛋白编码基因（BUSCO完整性达95.8%），以及系统发育分析相关信息，为蚜虫基因组进化研究和害虫防治提供基础资源。
文件详解
- 基因组序列文件
- 文件名称：Melanaphis_sacchari.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：包含甘蔗蚜染色体级别基因组的DNA序列
- 蛋白编码基因文件
- 文件名称：Melanaphis_sacchari.pep.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：包含注释的蛋白编码基因对应的氨基酸序列
- 编码序列文件
- 文件名称：Melanaphis_sacchari.cds.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：包含蛋白编码基因的编码DNA序列（CDS）
- 基因注释文件
- 文件名称：Melanaphis_sacchari.gff3
- 文件格式：GFF3
- 字段映射介绍：包含基因组特征（如基因、外显子、内含子）的位置与结构注释
- 重复序列库文件
- 文件名称：Melanaphis_sacchari.TElib.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：包含注释的转座元件（重复序列）序列库
- 基因组屏蔽注释文件
- 文件名称：Melanaphis_sacchari.masked.out.gff
- 文件格式：GFF
- 字段映射介绍：包含基因组中重复序列屏蔽区域的位置注释
- 分析脚本压缩包
- 文件名称：Scripts_G3.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含与本研究相关的分析脚本集合
数据来源
论文“Genome sequence of the sugarcane aphid, Melanaphis sacchari (Hemiptera: Aphididae)”
适用场景
- 蚜虫基因组进化研究: 用于分析甘蔗蚜与其他蚜虫的染色体结构保守性及系统发育关系
- 农业害虫功能基因组学: 研究甘蔗蚜蛋白编码基因功能，挖掘害虫防治靶标基因
- 重复序列进化分析: 基于重复序列注释数据，探究蚜虫基因组重复元件的进化规律
- 害虫防治策略开发: 为甘蔗蚜的抗性机制研究、生物防治及农药靶标设计提供基因组基础
- 比较基因组学研究: 与其他农业害虫基因组数据联合分析，揭示害虫适应性进化机制
