数据集概述
本数据集为宏条形码技术验证数据,通过对比马来西亚、中国、英国三地高质量标准数据集(含55,813个节肢动物和鸟类标本),验证宏条形码在生物多样性监测中的可靠性、可验证性及效率。数据集包含15个文件,涵盖实验结果、测序数据、映射文件及代码脚本等,支持生物多样性分析与保护应用。
文件详解
- 文档文件(.txt,共10个)
- README文件:如README_for_LahadDatu_all_Map.txt、README_for_Ailaoshan_all_Map.txt、README_for_UK1_all_Map.txt,说明各区域数据集的测序区域、样本信息及映射文件用途。
- 映射文件:如LahadDatu_all_Map.txt、UK1_all_Map.txt、Ailaoshan_all_Map.txt,包含SampleID、BarcodeSequence等字段,用于QIIME pipeline处理。
- 结果文件:如RSW2SoftwareResults.txt,包含SiteID、Type及DB15、MBC15等多列数据;MBCarthropods.txt、arthropods.txt为节肢动物相关数据。
- 代码文件(.r,共2个)
- RSW2_Test.R、Example_R_script.R,为R语言脚本文件。
- 存档文件(.zip,共3个)
- Thetford.1.2.3.10.TCA.454Reads.fna.qual.zip、Ailaoshan.1-4.TCA.454Reads.fna.qual.zip、Danum_Valley.1.2.TCA.454Reads.fna.qual.zip,包含测序序列文件(.fna)和质量文件(.qual)。
数据来源
论文“Reliable, verifiable and efficient monitoring of biodiversity via metabarcoding”
适用场景
- 生物多样性监测技术验证:对比宏条形码与传统分类方法的结果,评估技术可靠性。
- 生态保护应用:支持恢复生态学和系统性保护规划的政策结论分析。
- 生物信息学分析:利用映射文件和测序数据进行QIIME pipeline处理及多样性分析。
- 宏条形码方法优化:基于实验结果改进技术流程,提升效率与准确性。