数据集概述
本数据集为“主要组织相容性复合体（MHC）基因突出先天性与适应性免疫系统相互作用”研究的关联数据，包含家麻雀MHC基因多样性及免疫功能相关的实验数据与分析结果。通过平行扩增子测序识别MHC I类等位基因，并结合多项免疫测试（对应先天性和适应性免疫），探究MHC基因与免疫防御的关联。数据集含15个文件，覆盖原始测序数据、基因型表、序列比对结果等多类型内容。
文件详解
- 原始测序数据（.fna）
- 文件名称：454-input - R1 - 2.TCA.454Reads.fna、454-input - R1 - 1.TCA.454Reads.fna、454-input - R2 - 2.TCA.454Reads.fna、454-input - R2 - 1.TCA.454Reads.fna
- 文件格式：FNA
- 字段映射介绍：包含454测序平台生成的原始reads序列数据，对应R1/R2端及不同样本的测序结果
- 引物与标签数据（.txt、.xls）
- 文件名称：454-input - R1 - Primertags.txt、454-input - R2 - Primertags.txt、454-input - primersJMHC.xls
- 文件格式：TXT、XLS
- 字段映射介绍：Primertags.txt含引物标签序列、对应样本文件名及计数；primersJMHC.xls记录实验所用MHC基因扩增引物信息
- 序列比对结果（.fas）
- 文件名称：Sequence allignment - All 85 MHC alleles from this study.fas、Sequence allignment - All 59 functional MHC alleles from this study.fas
- 文件格式：FAS
- 字段映射介绍：分别包含本研究中识别的所有85个MHC等位基因、59个功能性MHC等位基因的序列比对结果
- 基因型与表型数据（.xlsx）
- 文件名称：Microsatellite genotype table.xlsx、Genotype and phenotype table PeerJ 082017.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：含家麻雀微卫星基因型数据、MHC基因型及免疫表型（对应先天性和适应性免疫测试结果）的关联表格
- 测序输出数据（.txt、.sqlite）
- 文件名称：454-output - R1 output.txt、454-output - R2 output.txt、454-output - R1.sqlite、454-output - R2.sqlite
- 文件格式：TXT、SQLite
- 字段映射介绍：output.txt为454测序分析输出的文本结果；sqlite为存储测序分析结果的数据库文件
数据来源
论文“Genes of the major histocompatibility complex highlight interactions of the innate and adaptive immune system”
适用场景
- 免疫遗传学研究：分析MHC基因多样性与先天性、适应性免疫功能的关联
- 等位基因功能分析：探究特定功能性MHC等位基因（FA）对不同免疫应答的影响
- 免疫系统相互作用研究：基于MHC基因数据解析先天性与适应性免疫系统的相互作用机制
- 鸟类免疫防御机制研究：以家麻雀为模型，研究非哺乳类动物的免疫防御分子基础
- 免疫实验设计参考：为MHC基因相关的免疫功能测试（如平行扩增子测序、免疫表型检测）提供方法学参考
