数据集概述
本数据集为Mimulus guttatus（猴面花）近交衰退研究的实验数据，包含田间和温室实验的表型数据、基因组罕见等位基因负载数据及分析代码。通过对比纯合近交系与杂交系的 fitness 差异，验证罕见等位基因负载对近交衰退的预测作用，支持有害等位基因模型解释近交衰退机制。
文件详解
- 数据文件（.csv/.xlsx/.ods/.txt）
- 表型数据文件：如
ForAster_New.csv（CSV）含存活（Surv）、种子产量（Seed）、适合度（fit）、罕见等位基因负载（LoadIn5New）等字段；Field_measurements.xlsx（XLSX）记录田间实验测量数据；Greenhouse_full.xlsx（XLSX）记录温室实验数据；500snp.simple.txt（TXT）含SNP相关数值数据。
- 分析结果文件：如
Curves_new.csv（CSV）含存活曲线（NewSurv）、种子产量曲线（NewSS）及罕见等位基因频率相关字段；Rare.05.ods（ODS）记录罕见等位基因分析数据。
- 代码文件（.py/.r）
- 分析脚本：如
make.big.stack.py（PY）、RareIM.by.line.snpwindows.py（PY）用于数据处理；Field2018_forpaper.R（R）、changepoint2.R（R）用于统计分析。
数据来源
论文“Severe inbreeding depression is predicted by the 'rare allele load' in Mimulus guttatus”
适用场景
- 植物遗传学研究：分析Mimulus guttatus近交衰退的表型效应（存活、种子产量）与基因组罕见等位基因负载的关联。
- 进化生物学研究：验证有害等位基因模型对近交衰退的解释力，探究植物自交进化的遗传限制因素。
- 群体遗传学分析：研究罕见等位基因的基因组分布及迁移对本地群体有害等位基因积累的影响。
- 实验数据复现：利用提供的代码和原始数据复现近交衰退与罕见等位基因负载的关联分析结果。
