数据集概述
本数据集为MultiBarcodeTools的补充数据,包含多种生物类群(鱼类、昆虫、真菌)的eDNA metabarcoding引物参考数据库、MiFish Pipeline分类鉴定结果、MultiBarcodePipeline分析结果及多序列比对示例文件,共8个文件,支持生物信息学中eDNA分析工具的验证与应用。
文件详解
- 参考数据库文件
- refDB_34_Primers_fish.tsv.gz:鱼类eDNA metabarcoding引物参考数据库,包含34种引物,基于3482种鱼类完整线粒体基因组预测,格式为TSV.gz
- refDB_19_Primers_insect.tsv.gz:昆虫eDNA metabarcoding引物参考数据库,包含19种引物(3种无阳性匹配未纳入),基于4484种昆虫完整线粒体基因组预测,格式为TSV.gz
- refDB_3_Primers_fungi.tsv.gz:真菌eDNA metabarcoding引物参考数据库,包含3种引物,基于14615种真菌ITS参考序列预测,格式为TSV.gz
- 分类鉴定结果文件
- Minamoto_Simulate.tar.gz:日本相模川样本真实与模拟数据的MiFish Pipeline分类鉴定结果,格式为tar.gz
- Teleo_and_Riaz.tar.gz:比利时林克贝克池塘样本的MiFish Pipeline分类鉴定结果,格式为tar.gz
- MultiBarcodePipeline分析结果文件
- matrix.MultiBarcodePipeline.Result.Insect.xlsx:使用cox1.mICOllintF_jgHC02198引物对昆虫参考数据库分析的结果,格式为XLSX
- matrix.MultiBarcodePipeline.Result.Fungi.xlsx:使用真菌参考数据库分析的结果,格式为XLSX
- 多序列比对示例文件
- msa.example.tar.gz:包含图S5-S7提及的全长序列,格式为tar.gz
适用场景
- 生物信息学工具验证:用于验证MultiBarcodeTools及MiFish Pipeline在eDNA metabarcoding分析中的性能
- 引物参考数据库应用:支持鱼类、昆虫、真菌eDNA研究中引物的选择与评估
- 分类鉴定结果分析:分析不同环境样本(河流、池塘)的生物类群组成
- 多序列比对研究:基于示例文件开展生物序列比对方法的探索与优化