数据集概述
本数据集围绕加州中部贻贝杂交区展开，通过ddRADseq技术对1337个单核苷酸多态性位点进行基因分型，分析入侵种Mytilus galloprovincialis与本地种Mytilus trossulus的基因渐渗方向、程度及隔离屏障作用。数据集包含9个文件，支持区分早期与晚期杂交世代，揭示杂交区基因交流的空间异质性及动态变化。
文件详解
- 基因分型与群体遗传学分析文件
- 文件名称：
tags_from_STACKS_populations.pl_script.tsv.zip、SNPs_from_STACKS_populations.pl_script.tsv.zip
- 文件格式：ZIP（包含TSV文件）
- 字段映射介绍：来自STACKS软件的基因分型结果，包含标签序列、单核苷酸多态性位点信息及群体遗传学分析基础数据。
- 群体遗传结构分析文件
- 文件名称：
STRUCTURE_v.2.3.4_input_file.tsv
- 文件格式：TSV
- 字段映射介绍：适用于STRUCTURE软件的输入数据，包含样本个体的基因型数据，用于分析群体遗传结构与祖先成分。
- 杂交个体检测文件
- 文件名称：
NewHybrids_v.1_input_file.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含268个个体、211个基因座的基因型数据，字段包括NumIndivs（个体数）、NumLoci（基因座数）、Digits（基因型位数）、Format（格式）及各基因座名称与对应基因型。
- 基因渐渗分析文件
- 文件名称：
INTROGRESS_v.1.22_input_file_(admix_data).csv、INTROGRESS_v.1.22_input_file_(locus_data).csv、INTROGRESS_v.1.22_input_file_(parent_1_data).csv、INTROGRESS_v.1.22_input_file_(parent_2_data).csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：适用于INTROGRESS软件的输入数据，包含杂交个体数据（admix_data）、基因座数据（locus_data）、亲本1（M. trossulus）数据、亲本2（M. galloprovincialis）数据，用于量化基因渐渗程度与方向。
- 群体遗传多样性分析文件
- 文件名称：
adegenet_package_v.1.4-2_input_file.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：适用于adegenet R包的输入数据，包含样本个体的基因型矩阵，用于分析群体遗传多样性、遗传距离及种群分化。
数据来源
论文“Introgression between invasive and native blue mussels (genus Mytilus) in the central California hybrid zone”
适用场景
- 入侵物种基因渐渗研究：分析入侵贻贝与本地贻贝的基因交流方向、程度及隔离屏障的作用强度。
- 杂交区动态变化分析：通过区分早期与晚期杂交世代，揭示杂交区的时空演化规律及物种间的生殖隔离机制。
- 群体遗传结构解析：利用STRUCTURE等工具的输入数据，研究贻贝群体的遗传分化、祖先成分及空间分布特征。
- 海洋生态保护评估：评估入侵贻贝对本地贻贝的遗传影响，为海洋生物多样性保护与入侵物种管理提供数据支持。
- 进化生物学研究：探讨物种间基因交流与生殖隔离的平衡机制，以及动态种群扩张对基因渐渗模式的影响。
