数据集概述
本数据集为Nesotrochidae新科命名相关研究的配套数据，包含两种鸟类（马达加斯加林秧鸡、福布斯林秧鸡）的线粒体基因组组装数据、11个线粒体基因的串联编码序列比对数据，以及基于BEAST2的系统发育分析输入输出文件，用于支持新世界洞穴秧鸡与新西兰adzebills亲缘关系的研究。
文件详解
- 线粒体基因组组装文件（MtAssembly_前缀）
- 文件名称：遵循
MtAssembly_[物种名] [B10K编号]_[后缀]模式（如MtAssembly_Mentocrex kioloides B10K-D-MAD-206_D2212160148.fasta）
- 文件格式：FASTA、GFF3、GenBank（.gb，含strict和非strict版本）
- 字段映射介绍：包含完整/部分线粒体基因组序列（FASTA）、基因注释信息（GFF3）、GenBank格式的序列与注释整合文件，对应马达加斯加林秧鸡（完整）和福布斯林秧鸡（部分）两个样本
- 序列比对文件（Alignment_前缀）
- 文件名称：
Alignment_Nesotrochidae_Gruiformes_11mtLoci.[格式后缀]（如.nex、.phy、.txt）
- 文件格式：NEXUS、PHYLIP、TXT
- 字段映射介绍：涵盖鹤形目及外类群的11个线粒体基因串联编码序列比对（nex/phy）、CDS区间定义文本文件（txt）
- BEAST2系统发育分析文件（Beast2_前缀）
- 文件名称：遵循
Beast2_Nesotrochidae_Gruiformes_[参数后缀].[格式后缀]模式（如.log、.trees、.xml）
- 文件格式：NEXUS、XML、LOG、TREES
- 字段映射介绍：包含RY编码的比对文件（nex）、优化后的BEAST2输入文件（xml）、两次重复运行的原始输出（log/trees）、最大可信度树文件（MCC_avgHeight相关trees）
数据来源
论文“Nesotrochidae, fam. nov. – a new name for the New World cave rails Nesotrochis spp., sister taxon of the New Zealand adzebills (Aptornithidae)”
适用场景
- 鸟类分类学研究：支持Nesotrochidae新科的分类学命名及系统位置确定
- 线粒体基因组分析：用于两种林秧鸡线粒体基因组结构与功能的研究
- 系统发育关系探究：分析新世界洞穴秧鸡与新西兰adzebills的亲缘关系
- 分子进化分析：基于11个线粒体基因数据研究鹤形目鸟类的分子进化特征
