数据集概述
本数据集围绕共生海葵Anemonia viridis中的Niemann-Pick C型(NPC1和NPC2)固醇转运蛋白展开,包含基因表达、蛋白序列、系统发育树等相关数据,用于研究这些蛋白在刺胞动物-甲藻共生关系稳定性及胁迫下共生崩溃中的作用,共8个文件。
文件详解
- 基因表达数据文件(.xlsx格式)
qPCR_QuantifZxAv.xlsx:qPCR定量分析数据文件
Normalizationfactor_HeatStress.xlsx:热胁迫实验的标准化因子数据
PrimerEfficiency.xlsx:引物效率数据文件
qPCR_HeatStress.xlsx:热胁迫下的qPCR基因表达数据
- 系统发育树文件(.txt格式)
TreeFile_NPC1_Figure2.txt:NPC1蛋白的系统发育树数据(对应Figure2)
TreeFile_NPC2_Figure1.txt:NPC2蛋白的系统发育树数据(对应Figure1)
- 蛋白序列比对文件(.fas格式)
Alignment file of NPC2 protein sequences_Figure1A.fas:NPC2蛋白序列比对数据(对应Figure1A)
Alignment file of NPC1 protein sequences_Figure2.fas:NPC1蛋白序列比对数据(对应Figure2)
数据来源
论文“Are Niemann-Pick type C proteins key players in cnidarian-dinoflagellate endosymbioses?”
适用场景
- 共生系统分子机制研究: 分析NPC蛋白在刺胞动物-甲藻共生关系建立与维持中的作用
- 热胁迫响应机制分析: 探究热胁迫下NPC基因表达变化与共生崩溃的关联
- 蛋白进化分析: 基于NPC1和NPC2的蛋白序列及系统发育树数据,研究其进化关系
- 珊瑚白化分子机制研究: 为理解珊瑚白化(共生崩溃)的分子调控机制提供数据支持
- 基因表达定量分析: 利用qPCR数据开展共生海葵基因表达模式的定量研究