数据集概述
本数据集为拟议新物种Agrobacterium bohemicum sp. nov.的系统发育分析提供完整数据支持，包含基因组序列、基因文件、系统发育树及相关分析文件，覆盖从原始序列到分析结果的全流程数据。
文件详解
该数据集包含82个文件，具体说明如下：
- 基因组序列文件:
- 62个.gz格式压缩文件（如GCA_000349865.1_Cherry1.0_genomic.fna.gz）：存储不同菌株的基因组序列
- 1个.fna格式文件（GCA_000731315.1_RG540_Ch_pA_genomic.fna）：未压缩的基因组序列文件
- 1个.tar格式文件（VCFs.tar）：压缩的变异数据文件
- 基因与蛋白数据文件:
- 3个.txt格式基因文件（如genes_R89noall5.txt）：存储基因列表信息
- 2个.xlsx格式蛋白文件（如170719 R89 uniq proteins.xlsx）：记录蛋白序列数据
- 1个.txt格式序列文件（sequence R89only.txt）：包含假设蛋白的氨基酸序列
- 系统发育分析文件:
- 2个.pdf格式树文件（如agro WGS tree.pdf）：展示系统发育树可视化结果
- 2个.mas格式比对文件（如align MLST trimmed.mas）：存储多序列比对数据
- 2个系统发育树文件（tree_new.nwk、snp_tree.main_tree.newick）：Newick格式的树结构数据
- 1个.fas格式比对文件（snp_tree.aln.fas）：SNP比对序列文件
- 1个.mts格式会话文件（agro WGS tree session.mts）：分析会话记录文件
适用场景
- 微生物分类学研究：支持Agrobacterium bohemicum sp. nov.新物种的系统发育验证
- 基因组进化分析：探究农杆菌属不同菌株的基因组变异与进化关系
- 比较基因组学研究：分析农杆菌属内基因与蛋白序列的差异特征
- 系统发育方法学应用：验证不同分析方法（如MLST、SNP分析）在物种鉴定中的效果
