数据集概述
本数据集包含中国新疆白斑狗鱼(Esox lucius)的种群基因组研究数据,涉及额尔齐斯河、乌伦古湖、乌伦古河附近小湖及博斯腾湖4个种群。数据涵盖种群基因组参数估算、基因流分析及有效种群大小评估结果,共17个文件,支持鱼类种群遗传学研究。
文件详解
- 文档文件
- 文件名称:README.docx
- 文件格式:DOCX
- 字段映射介绍:数据集说明文档,可能包含研究背景、数据采集方法、文件内容说明等信息
- 数据文件(.xlsx格式,共15个)
- 代表文件:Table_S2.Descriptive_statistics_for_SLAF_tags_for_121_sequenced_individuals_from_four_populations_of_northern_pike.xlsx、Table_S3._Descriptive_statistics_for_the_SNP_datasets_for_121_sequenced_individuals_from_four_populations_of_northern_pike.xlsx、Table_S4._Ho_and_He_of_14124_SNPs_of_Northern_pike_within_four_populations.xlsx、Table_S10._Genomic_pairwise_relatedness(CC_and_IBD)between_121_individuals.xlsx、Table_S11._Multiple_comparisons_of_average_genomic_pairwise_relatedness_within_four_populations.xlsx、Table_S14._The_output_of_ADMIXTURE_analysis_with_different_assumed_K(2_and_3).xlsx、Table_S15.Genomic_pairwise_similarity(IBS)_between_121_individuals.xlsx
- 字段映射介绍:包含SLAF标签描述统计、SNP数据集描述统计、14124个SNP位点的观测杂合度(Ho)与期望杂合度(He)、基因组 pairwise 亲缘关系(CC和IBD)、平均基因组 pairwise 亲缘关系多重比较、不同K值(2和3)下的ADMIXTURE分析结果、121个个体间的基因组 pairwise 相似性(IBS)等种群基因组参数
- 栅格文件
- 文件名称:Figure_S1.The_overview_diagram_of_identical_by_state(IBS)_between_121_sequenced_individuals.tif
- 文件格式:TIF
- 字段映射介绍:121个测序个体间相同状态(IBS)的概览图
数据来源
论文“Genomic inbreeding and population structure of northern pike (Esox lucius) in Xinjiang, China”
适用场景
- 鱼类种群遗传学研究:分析新疆白斑狗鱼四个种群的基因组近交水平、种群结构及遗传多样性
- 基因流与种群扩散研究:基于基因流分析结果,探究白斑狗鱼在新疆不同栖息地的扩散路径与基因交流模式
- 有效种群大小评估:利用有效种群大小数据,评估白斑狗鱼各种群的遗传健康状况与生存潜力
- 分子标记应用研究:参考SNP位点的杂合度、亲缘关系等数据,开发适用于白斑狗鱼种群研究的分子标记
- 生物入侵机制分析:结合原始分布区(额尔齐斯河)与扩散栖息地的种群基因组数据,解析白斑狗鱼在新疆的入侵适应性机制