数据集概述
本数据集为OMOP2OBO Drug Exposure Ingredient Mappings V1.0,通过OMOP2OBO算法生成,实现OMOP标准药物暴露成分概念(基于RxNorm)与ChEBI、NCBITaxon、PRO、VO等OBO Foundry本体的映射,含自动(基于TF-IDF嵌入、余弦相似度)及手动映射,支持语义互操作性。
文件详解
- 文件名称:OMOP2OBO_V1_Drug_Exposure_Mapping_Oct2020.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:包含OMOP药物暴露成分概念与OBO本体(ChEBI、NCBITaxon、PRO、VO)的映射关系,涉及映射类别(自动一对一/一对多、手动等)、相似度得分、本体概念关联等信息,支持按映射类型和本体分类查询统计。
数据来源
OMOP2OBO mapping algorithm(关联资源:GitHub、Project Wiki、Zenodo Community、Preprint Manuscript:10.5281/zenodo.5716421)
适用场景
- 医疗术语语义互操作性研究:实现OMOP CDM与OBO本体的跨系统术语映射,支持临床数据与生物医学本体的整合分析。
- 药物成分本体关联分析:研究RxNorm药物成分与ChEBI化学实体、VO疫苗本体等的语义关联,辅助药物研发与分类。
- 医疗数据标准化应用:为基于OMOP CDM的临床数据库提供本体映射支持,提升数据语义一致性。
- 生物医药术语映射算法验证:基于自动/手动映射结果,验证OMOP2OBO算法及TF-IDF、余弦相似度等方法的有效性。