数据集概述
本数据集包含242株链霉菌菌株的泛反应组分析相关补充表格及基因组尺度代谢模型（GEMs）文件，涵盖基因组数据、生物合成基因簇（BGC）统计、ANI结果、GEMs验证与结构信息、代谢通路关联及水平转移基因预测等内容，用于揭示链霉菌初级与次级代谢的关联及分离机制。
文件详解
- Table S1.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含242株链霉菌菌株的基因组数据、生物合成基因簇（BGC）统计信息，以及基于fastANI的平均核苷酸一致性（ANI）结果。
- Table S2.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：记录242株链霉菌菌株经antiSMASH预测的所有BGC详情，及对应BiG-SCAPE的基因簇家族（GCFs）分类。
- Table S3.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含阿维链霉菌MA-4680、天蓝色链霉菌A3(2)的基因组尺度代谢模型（GEMs）表型芯片数据验证结果，及20株链霉菌菌株的文献验证结果。
- Table S4.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：统计242株链霉菌菌株GEMs中的反应数、代谢物数及基因数。
- Table S5.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：计算242株链霉菌GEMs反应存在向量与BiG-SCAPE GCFs存在向量的Jaccard相似度。
- Table S6.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：汇总所有BGC的前体需求，及链霉菌菌株的前体生物合成能力，分为四类前体可生产性与需求的关联关系。
- Table S7.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：记录文献中20种次级代谢物前体生物合成所需的代谢物及反应。
- Table S8.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：列出生物合成基因簇（BGC）中预测为水平转移的基因。
- models_final_241108.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容介绍：包含242株链霉菌菌株的基因组尺度代谢模型（GEMs）SBML文件压缩包。
数据来源
论文“Pan-reactome analysis of Streptomyces strains reveals association and disconnection between primary and secondary metabolism”
适用场景
- 微生物代谢组学研究：分析链霉菌初级与次级代谢的关联机制及分离模式。
- 生物合成基因簇（BGC）分析：研究链霉菌BGC的分布、分类及功能关联。
- 基因组尺度代谢模型（GEMs）构建与验证：支持链霉菌GEMs的参数优化及表型预测。
- 水平基因转移研究：探究链霉菌BGC中水平转移基因的分布及功能影响。
- 次级代谢物前体合成通路分析：解析链霉菌次级代谢物前体的生物合成需求及菌株合成能力差异。
- 微生物基因组进化分析：基于ANI结果及代谢模型相似度，研究链霉菌菌株的进化关系及代谢网络保守性。
