数据集概述
本数据集包含2型糖尿病（T2D）早期患者与健康对照供体的人胰腺胰岛组织传统及多组化免疫组化实验表格数据，支持《Genetic risk converges on regulatory networks mediating early type 2 diabetes》论文研究，涵盖成像分析、胰岛细胞转录组及功能分析相关结果，共6个文件。
文件详解
- 文件名称：CODEX_experiment-metadata.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：基于MITI数据标准的CODEX实验元数据，包含其他CODEX数据文件的列描述
- 文件名称：readme.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：数据联系方式及文件说明
- 文件名称：CODEX_per-islet-data.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含供体（Donor）、分组（Group）、胰岛索引（Islet Index）、胰岛ID（Islet ID）、总细胞数（Total Cells）及α/δ/β等细胞亚型、免疫细胞数量统计字段
- 文件名称：Supplementary Tables.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：论文《Genetic risk converges on regulatory networks mediating early type 2 diabetes》中与成像数据相关的补充表格
- 文件名称：Source Data Figs. 2_Extended Data 3-4.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：论文图2及扩展数据3-4的原始数据
- 文件名称：CODEX_per-cell-annotations.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含供体（Donor）、分组（Group）、胰岛索引（Islet Index）、细胞索引（Cell Index）、细胞ID（Cell ID）、坐标（X/Y）、细胞亚型标注（α/δ/β等）、细胞注释（Cell Annotation）及细胞邻域分析结果（CN_CF_IDF、CN_kmeans）
数据来源
论文《Genetic risk converges on regulatory networks mediating early type 2 diabetes (Walker, Saunders & Rai et al., Nature 2023)》
适用场景
- 糖尿病胰岛细胞功能研究：分析2型糖尿病供体与对照供体胰岛细胞亚型组成及分布差异
- 胰岛免疫微环境分析：通过免疫细胞数量及细胞邻域（CN）数据研究胰岛免疫状态变化
- 糖尿病遗传风险机制研究：结合论文结果探究遗传风险与胰岛调控网络的关联
- 多组化成像实验方法优化：参考CODEX实验元数据及分析流程改进实验设计
- 生物信息学细胞邻域分析：基于CF-IDF和k-means方法的细胞邻域分析算法验证与应用
