数据集概述
本数据集包含长新冠（PASC）患者血清蛋白组学研究的输入数据、图表源数据及R分析代码，来自对55名症状持续≥60天的PASC患者、症状恢复感染者和未感染者的纵向血清样本分析。数据识别出PASC患者中的持续炎症亚型，涉及II型干扰素信号、NF-κB信号等差异富集通路，为PASC的生物学异质性分析及炎症亚型诊断提供支持，共含39个文件。
文件详解
- 数据文件（.xlsx/.csv/.txt/.gmt）
- 血清蛋白组学数据：
JimHeath_proteomics.xlsx（格式XLSX，包含血清蛋白质组定量数据）、JH_Olinkmat_full.txt（格式TXT，Olink蛋白质组原始矩阵）
- 临床与元数据：
JimHeath_proteomics_metadata.xlsx（格式XLSX，患者基本信息、症状状态等元数据）、Clinical activity score.xlsx（格式XLSX，临床活动评分数据）、Obesity and age markers.xlsx（格式XLSX，肥胖及年龄相关标志物数据）
- 分析结果与面板数据：
AIFI_PASC_Olink_with_Score.csv（格式CSV，带评分的PASC患者Olink数据）、C2-Biomarker-pathway-Cluster.csv（格式CSV，生物标志物通路聚类数据）、PathwayModules-54.gmt（格式GMT，54个通路模块注释文件）
- 图表源数据：
Source data Figure 1.xlsx（格式XLSX，图1对应源数据）、Source data Figure S10.xlsx（格式XLSX，补充图S10对应源数据）
- 分析代码（.R）
- 聚类与通路分析代码：
1-PASC_RuleIn_clustering-Proteins.R（格式R，蛋白质聚类分析代码）、2-PASC-JaccardIndex-2871Pathways-Bootstrap.R（格式R，通路Jaccard指数分析代码）
- 模块与诊断分析代码：
5-PASC-54-Modules-analysis.R（格式R，54模块分析代码）、Diaonostic panel PASC_panel.R（格式R，PASC诊断面板分析代码）
- 元数据分析代码：
6-Metadata and Olink deepdive.R（格式R，元数据与Olink深度分析代码）
数据来源
论文“Persistent serum protein signatures define an inflammatory subcategory of long COVID”
适用场景
- 长新冠炎症亚型生物学机制研究: 利用血清蛋白组数据及通路分析结果，探究II型干扰素、NF-κB等信号通路在炎症型长新冠中的作用
- 长新冠诊断标志物开发: 基于诊断面板代码（如
Diaonostic panel PASC_panel.R）及相关数据，验证和优化炎症型与非炎症型长新冠的蛋白质诊断面板
- 长新冠临床亚型分型: 通过聚类代码（如
1-PASC_RuleIn_clustering-Proteins.R）及元数据，分析长新冠患者的异质性并进行亚型分类
- 血清蛋白质组学与临床表型关联分析: 结合
JimHeath_proteomics.xlsx与Clinical activity score.xlsx，研究蛋白质组特征与临床症状的相关性
- 炎症相关通路与标志物筛选: 利用
PathwayModules-54.gmt及通路分析代码，筛选长新冠炎症亚型的关键通路及生物标志物
