数据集概述
本数据集围绕系统发育分化时间与多样化速率估计展开，通过模拟实验和实证分析评估相关方法的有效性。核心内容包括对替代率、物种形成率、灭绝率等变量的分析，以及特征采样和分类群采样对参数估计的影响，为宏观进化历史研究提供方法学参考。
文件详解
- 代码文件
- 格式：.rev、.r、.py
- 示例文件：simulate_fossils.R、rev_shell.Rev、SIMULATION_STUDY_WITH_DIVERSIFICATION_SIMPLE.py
- 内容：包含模拟化石、系统发育树、序列生成，以及分化速率异质性分析等功能的代码脚本，支持多样化速率和松弛时钟模型的模拟实验。
- 文档文件
- 格式：.docx、.txt
- 示例文件：supplementary_tables.docx、READ_ME.txt、supplementary_figure_caption.docx
- 内容：补充表格、说明文档和图表标题，详细记录模拟实验结果和方法学细节。
- 归档文件
- 格式：.zip
- 示例文件：supplementary_figures.zip
- 内容：包含补充图表的压缩包，支持结果可视化。
数据来源
论文“The implications of interrelated assumptions on estimates of divergence times and rates of diversification”
适用场景
- 宏观进化方法学评估：分析特征采样和分类群采样对分化时间、多样化速率估计精度的影响。
- 系统发育模型验证：通过模拟实验验证松弛时钟、化石校准等复杂模型在实际数据中的适用性。
- 生物多样性研究：探究替代率、物种形成率和灭绝率等变量对生物多样性历史的作用机制。
- 基因组数据应用：评估基因组尺度数据集在解决复杂进化过程参数估计问题中的局限性。
