数据集概述
本数据集为挪威云杉（Picea abies）针叶转录组测序结果，包含约7000万条76bp片段的原始数据（5Gbp），通过从头组装及整合公共EST数据构建参考转录组，获得38419条长度超150bp的PUTs（推定唯一转录本），并分析了基因表达差异、SNPs及同义/非同义替换率，为裸子植物与被子植物的基因进化研究提供数据支持。
文件详解
- README_for_PAML_tables.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含PAML分析相关字段说明，如SEQ1（文件名中第一个物种）、SEQ2（第二个物种）、Code（ORF完整性标识）、Start/End（ORF氨基酸位置）、PAML_length（比对序列长度）等。
- pa_tgicl95_151.fa
- 文件格式：FA
- 字段映射介绍：挪威云杉针叶转录组的参考序列文件，包含组装得到的PUTs序列信息。
- PAML_tables.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：压缩包内包含用于PAML分析的表格文件，记录物种间序列比对及替换率计算相关数据。
- snp_filterQ60AF25.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含高质量SNPs信息，字段有Contig（contig编号）、POS（位置）、Ref（参考碱基）、ALT（替代碱基）等。
数据来源
论文“Sequencing of the needle transcriptome from Norway spruce (Picea abies Karst L.) reveals lower substitution rates, but similar selective constraints in gymnosperms and angiosperms”
适用场景
- 植物转录组进化研究：分析裸子植物与被子植物的同义/非同义替换率差异及选择压力。
- 基因表达调控分析：探究挪威云杉针叶在黑暗与光照条件下的基因表达差异。
- 分子标记开发：利用高质量SNPs数据开发挪威云杉的分子遗传标记。
- 裸子植物功能基因组学：通过PUTs注释及ORF预测研究挪威云杉基因功能及编码特征。
