Pocillopora_Symbiodiniaceae_Based莫雷阿岛隐存珊瑚与共生体协同进化研究数据

数据集概述

本数据集为2019年8月在法属波利尼西亚莫雷阿岛采集的隐存珊瑚（Pocillopora spp.）及其共生体（Symbiodiniaceae）的协同进化与特异性研究数据，包含16个文件，涵盖基因组序列、系统发育树、样本元数据及分析代码，用于支撑相关论文的图表生成与数据分析。

文件详解

• 代码文件（.R格式）
• Figure 2 Make.R：生成论文图2的R代码，依赖Figure 2.txt和Figure 2.vcf
• Figure 4 Make.R：生成论文图4的R代码，依赖Figure 4 and 6 data.csv和Figure 4 colors.csv
• Figure 5b Make.R：生成论文图5b的R代码，依赖Figure 5b - Clad clades.csv、Figure 5b_Cladocopium.nex、Figure 5b_Pocillopora.nex和Figure 5b.csv
• Figure 6 Make.R：生成论文图6的R代码，依赖Figure 4 and 6 data.csv
• 系统发育树文件（.nex格式）
• Figure 1 SNAPP species tree.xml：论文图1使用的物种树数据
• Figure 3b - Pocillopora mt genomes.nex：Pocillopora线粒体基因组的Nexus树（图3b用）
• Figure 5a - Cladocopium_psbA.nex：Cladocopium类群的Nexus树（图5a用）
• Figure 5b_Cladocopium.nex：Cladocopium类群的Nexus树（图5b用）
• Figure 5b_Pocillopora.nex：PACo分析用Pocillopora类群Nexus树（图5b用）
• 数据文件（.csv/.txt/.vcf格式）
• Figure 2.txt：样本ID与珊瑚物种/单倍型的元数据
• Figure 2.vcf：包含7,887个SNP的关联数据集
• Figure 4 and 6 data.csv：珊瑚物种、采样深度、共生体ITS2型谱等元数据
• Figure 4 colors.csv：ITS2序列的自定义颜色映射数据
• Figure 5b - Clad clades.csv：样本ID与Cladocopium分支分配的元数据
• Figure 5b.csv：珊瑚宿主与Cladocopium共生体关联矩阵

数据来源

佛罗里达州立大学Scott Burgess团队

适用场景

• 珊瑚-共生体协同进化研究：通过系统发育树与关联矩阵分析两者的协同演化关系
• 珊瑚共生体特异性分析：利用ITS2型谱数据探究不同珊瑚对共生体的选择特异性
• 珊瑚种群遗传学研究：基于SNP数据集分析隐存珊瑚物种的遗传多样性与种群结构
• 海洋生态环境适应性研究：结合采样深度、位点等元数据，分析环境因素对珊瑚-共生体共生关系的影响
• 生物信息学方法验证：使用R代码与数据文件复现论文中的分析流程与图表结果