数据集概述
本数据集包含杨属植物（Populus balsamifera和P. trichocarpa）的叶绿体基因组测序分析数据，用于研究近缘物种间叶绿体基因组与核基因组的差异。通过从头组装和参考映射构建系统发育树，揭示了叶绿体基因组的深度分化与核基因组分化的不一致性，为植物分子系统发育研究提供数据支持。
文件详解
- 系统发育数据文件
- 文件名称：populus_sal.phy、manihot.phy
- 文件格式：PHY
- 字段映射介绍：包含杨属植物及其他参考物种的序列数据，用于构建系统发育树
- 分析日志文件
- 文件名称：pop_to_manihot_4.log
- 文件格式：LOG
- 字段映射介绍：记录系统发育分析过程中的参数设置、运行日志及结果统计
- 压缩文件
- 文件名称：ns_vs_s.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含核苷酸替换与同义替换分析相关的压缩数据
- 系统发育树文件
- 文件名称：pop_to_manihot_4.trees
- 文件格式：TREES
- 字段映射介绍：存储构建的系统发育树结构数据
- XML配置文件
- 文件名称：pop_to_manihot_gtr.xml
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：包含系统发育分析的GTR模型参数配置信息
数据来源
论文“Whole plastome sequencing reveals deep plastid divergence and cytonuclear discordance between closely related balsam poplars, Populus balsamifera and P. trichocarpa (Salicaceae)”
适用场景
- 植物分子系统发育研究: 分析杨属植物叶绿体基因组的系统发育关系及物种分化时间
- 核质不一致性分析: 研究叶绿体基因组与核基因组在进化速率上的差异及成因
- 物种杂交与基因渐渗研究: 探讨杨属植物近缘物种间的杂交历史及基因捕获现象
- 分子进化模型验证: 利用叶绿体基因组数据验证不同分子进化模型的适用性
- 植物基因组多样性研究: 分析杨属植物叶绿体基因组的遗传多样性及变异模式
