数据集概述
本数据集为海洋硅藻热耐受性分子进化研究的配套实验数据（分子数据存储于SRA数据库Bioproject PRJNA397360），包含生长速率、代谢、细胞生理指标等9个文件，覆盖祖先及进化100、300代样本的热耐受性、光合作用、呼吸、细胞体积、碳氮比、RNA/蛋白质含量等指标，用于分析环境波动对其热耐受性进化的影响。
文件详解
- 生长与热耐受性数据
- 文件名称：Data Figure01 natcomms Schaum et al.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含生长轨迹及热耐受性曲线数据，用于生成Figure 1A和B
- 文件名称：Data_thermal_tolerance_growth_t000.csv、Data_thermal_tolerance_growth_t100.csv、Data_thermal_tolerance_growth_t300.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：含assayT（测定温度）、selected（选择 regime）、r（生长速率）、quasi.r2（拟合优度）、pa（唯一标识）等字段，记录祖先（t000）、100代（t100）、300代（t300）样本的温度梯度生长速率
- 代谢数据
- 文件名称：tdep_metab_t000.rds、tdep_metab_t300_32.rds、tdep_metab_all_else.RDS
- 文件格式：RDS
- 字段映射介绍：含光合作用与呼吸数据，对应Figure 2 a-e，需用R语言readRDS命令读取
- 细胞生理数据
- 文件名称：Data_cell_volume_CNratio_etc.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：含pg C per cell（单位细胞碳含量）、CN ratios（碳氮比）、NP ratios（氮磷比）、cell volume（细胞体积）、chlorophyll to carbon ratios（叶绿素碳比）等字段
- 文件名称：Data_cell_size_RNAProtein_etc.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：含size 祄（细胞大小）、RNA.pg.percell（单位细胞RNA含量）、Protein.ng.percell（单位细胞蛋白质含量）、Si per cell pmol（单位细胞硅含量）等字段
数据来源
论文“Environmental fluctuations accelerate molecular evolution of thermal tolerance in a marine diatom”（DOI:10.1038/s41467-018-03906-5）
适用场景
- 海洋硅藻热耐受性进化研究：分析环境波动对硅藻热耐受性进化的影响及分子机制
- 热耐受性表型分析：利用生长速率、光合作用/呼吸数据评估硅藻热耐受性表型变化
- 细胞生理响应研究：探究热胁迫下硅藻细胞体积、碳氮比、RNA/蛋白质含量等生理指标的变化规律
- 进化实验数据分析：支持不同世代（祖先、100代、300代）硅藻热耐受性进化轨迹的比较分析
- 环境适应性机制研究：揭示海洋硅藻对环境波动的适应性进化策略及生理调控机制
