数据集概述
本数据集为PRKN基因灵长类进化关系分析的补充材料,包含核苷酸频率统计、分形图形、熵值计算及系统发育树等信息。通过频率混沌游戏法(FCGR)生成分形,结合核苷酸频率、香农熵和树状图,用于研究灵长类PRKN基因的进化关系,支持生物信息学和进化生物学分析。
文件详解
- 压缩包文件:
- 文件名称:Suplementary_Material_Fractals.zip
- 文件格式:ZIP
- 内容结构:包含6类补充材料子目录,具体如下:
- 01 Supplementary Material:含Excel文件(核苷酸频率数据)及2个子文件夹(核苷酸相对/总频率柱状图)
- 02 Supplementary Material:含16个灵长类物种子文件夹,各含3-11 k-mer分形图像(共9张/物种)
- 03 Supplementary Material:含3个子文件夹(7-mer频率与组成、7-mer分形图、3D景观分形图)
- 04 Supplementary Material:含16个灵长类物种的7-mer CGR分形验证图像
- 05 Supplementary Material:含香农熵柱状图(PNG)及熵值表(Excel)
- 06 Supplementary Material:含2个7-mer树状图(带/不带外类群)
数据来源
论文“Frequency chaos game method and fractals show evolutionary relationships of the PRKN gene in primates”
适用场景
- 灵长类PRKN基因进化分析: 利用核苷酸频率、分形特征和树状图研究基因序列的进化关系与亲缘性
- 生物信息学分形方法验证: 评估FCGR和CGR算法在基因序列可视化与进化分析中的应用效果
- 基因序列核苷酸特征研究: 分析不同灵长类物种PRKN基因的核苷酸组成及频率分布规律
- 进化生物学数据可视化: 通过分形图形和3D景观展示基因序列的结构特征与物种差异
- 系统发育树构建与验证: 利用7-mer数据构建的树状图,验证灵长类物种的分类与进化分支