数据集概述
本数据集包含通过简化基因组测序（RRL）技术在合唱蛙（Pseudacris）中鉴定的单拷贝核基因座数据，涉及种内、种间序列差异分析及PCR验证结果，同时提供线粒体基因座序列，用于浅尺度系统发育与谱系地理学研究，共15个文件。
文件详解
- 线粒体基因座数据
- 文件名称：MtDNALoci.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含12S16S、COI、ND2三个线粒体基因座的Sanger序列，分别对内陆（ECM7210）和沿海（ECM7144）P. feriarum个体的序列进行比对
- 核基因座数据
- 文件名称：FinalNuclearLoci_ECM7144.zip、FinalNuclearLoci_ECM7210.zip、FinalNuclearLoci_ECM7144_ECM7210_ECM7278.zip等
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含Illumina测序得到的核基因座序列，对单个、两个或三个个体的等位基因进行比对；单个个体基因座名称（如2）可延伸至多个个体（如2_25，代表个体A的基因座2与个体B的基因座25同源）
- 分析脚本
- 文件名称：RRL_AnalysisScripts.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含RRL技术分析相关的脚本文件
- 预测数据
- 文件名称：InSilicoPrediction.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含对近缘参考基因组（热带爪蟾）进行的模拟酶切预测数据
- 验证数据
- 文件名称：VerifiedNuclearLoci.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含经过验证的核基因座数据
- 补充表格
- 文件名称：Lemmon_Lemmon_Supplemental_Tables_16Nov2011.xls
- 文件格式：XLS
- 字段映射介绍：包含研究相关的补充表格数据
- PCR结果
- 文件名称：PCR_Results_LocusBySpecies.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含不同物种间核基因座的PCR扩增结果数据
- 说明文档
- 文件名称：README.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含数据集各文件的内容说明
数据来源
论文“High-throughput identification of informative nuclear loci for shallow-scale phylogenetics and phylogeography”
适用场景
- 浅尺度系统发育研究: 利用鉴定的单拷贝核基因座分析物种内、物种间的系统发育关系
- 谱系地理学研究: 基于基因座序列差异探究物种的地理分布与演化历史
- 分子标记开发: 筛选高变异性、信息丰富的核基因座作为分子标记
- 基因组学方法验证: 评估简化基因组测序（RRL）技术在基因座鉴定中的效率与准确性
- 跨物种分子标记应用: 分析核基因座在属级及更深分类水平的扩增效果
