数据集概述
本数据集包含种内植物-土壤反馈实验相关的数据集与分析代码，涉及多年生草本植物根系性状研究。数据涵盖土壤元数据、微生物分类信息、实验数据集等，配套R语言分析脚本、Shell处理脚本及流程说明文档，支持植物-土壤反馈机制及微生物群落与植物性状关系的研究。
文件详解
- 数据文件
- 文件名称：tx_soil_metadata.xlsx、psf_22_dataset.xlsx、tx_soil_b_samplelist.xlsx、tx_soil_f_samplelist.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含土壤元数据、实验样本数据集、细菌/真菌样本列表等结构化数据，记录实验设计、样本信息及观测指标
- 微生物分类文件
- 文件名称：16Staxa_bacteria.txt、ITStaxa_fungi.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含细菌（16S）和真菌（ITS）的分类信息，字段包括Kingdom（界）、Phylum（门）、Class（纲）、Order（目）、Family（科）、Genus（属）等分类层级
- 分析代码文件
- 文件名称：psf_final_analyses_updated.R、txs_bacterial_dataprep.R、txs_bact_analysis.R、ddCombineParallel.R、ddParallel.R等
- 文件格式：.R
- 字段映射介绍：共9个R脚本，用于数据预处理、微生物群落分析、植物-土壤反馈实验结果统计分析等
- 流程脚本文件
- 文件名称：startCombineDada.sh、QC.sh、startDadaParallelITS.sh、startCombineDadaITS.sh等
- 文件格式：.sh
- 字段映射介绍：共7个Shell脚本，用于微生物序列数据的质控、合并、 dada2分析流程的批量执行
- 序列数据文件
- 文件名称：ITSITS-merged.seqtab.bothLanes.RDS、16Smerged.seqtab.nochim.RDS
- 文件格式：RDS
- 字段映射介绍：包含合并后的真菌ITS序列和去嵌合后的细菌16S序列的结构化数据对象
- 流程说明文件
- 文件名称：tx_soil_pipeline.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：记录土壤微生物数据分析的流程说明，指导数据处理步骤
适用场景
- 植物-土壤反馈机制研究：分析种内植物-土壤反馈对多年生草本植物根系性状的影响
- 土壤微生物群落分析：通过16S/ITS序列数据及分类文件，研究土壤细菌、真菌群落组成与结构
- 微生物-植物互作研究：探索土壤微生物群落与植物根系性状及生长表现的关联
- 实验数据复现：利用配套R脚本和Shell脚本，复现植物-土壤反馈实验的数据分析过程
- 生态实验设计参考：基于土壤元数据及样本列表，参考种内植物-土壤反馈实验的设计框架
