数据集概述
本数据集为PXD024174的重分析结果，对应论文“De novo peptide databases enable protein-based stable isotope probing of microbial communities with up to species-level resolution”。包含基于Casanovo的mztab文件、PepNet的tsv文件，以及合并Unipept、MetaProSIP输出与BLASTp结果的xlsx文件，共二十二个文件，用于微生物群落蛋白质稳定同位素探测研究。
文件详解
- mztab文件（10个）
- 文件名称：遵循
Run1_MockU2_EcoliR[1-3]_[1/5/10]_2000ng.mztab模式（如Run1_MockU2_EcoliR2_10_2000ng.mztab）
- 文件格式：mztab
- 字段映射介绍：由Casanovo生成，包含蛋白质稳定同位素探测实验的质谱分析结果，涉及不同大肠杆菌样本组（R1/R2/R3）、不同浓度梯度（1/5/10）及2000ng上样量的实验数据
- tsv文件（10个）
- 文件名称：遵循
Run1_MockU2_EcoliR[1-3]_[1/5/10]_2000ng.tsv或Run1_MockU2_EcoliR1_1_2000ng_control.tsv模式
- 文件格式：tsv
- 字段映射介绍：由PepNet生成，包含TITLE（标题）、DENOVO（从头测序肽段）、Score（得分）、PPM Difference（PPM差值）、Positional Score（位置得分）等字段，记录肽段的质谱匹配与定量信息，含control（对照）组数据
- xlsx文件（2个）
- 文件名称：PXD024174_Blast_Others.xlsx、PXD024174_Unipept_MetaProSIP_merged.xlsx
- 文件格式：xlsx
- 字段映射介绍：前者为未匹配参考数据库和UniProt的肽段BLASTp结果；后者为Unipept与MetaProSIP输出的合并数据，含merged（合并）处理标识
数据来源
论文“De novo peptide databases enable protein-based stable isotope probing of microbial communities with up to species-level resolution”
适用场景
- 微生物群落蛋白质组学分析: 利用mztab和tsv文件中的肽段数据，研究微生物群落的蛋白质表达与同位素标记情况
- 微生物物种分辨率同位素探测: 基于从头肽段数据库，实现物种水平的微生物群落稳定同位素探测分辨率分析
- 肽段数据整合与验证: 通过xlsx文件中的合并数据及BLASTp结果，验证肽段匹配的准确性与完整性
- 微生物代谢活性研究: 结合稳定同位素探测数据，分析微生物对底物的同化活性与代谢功能
