数据集概述
本数据集围绕多毛类蠕虫Pygospio elegans的DNA甲基化展开研究,对比了不同发育模式后代的怀卵雌性、非繁殖雌性的甲基化谱,验证该物种存在基因内CpG位点甲基化及相关甲基化基因,探讨表观遗传调控对发育模式转变的潜在作用。
文件详解
- 文件名称:
README_for_MS-AFLP_data.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:包含MS-AFLP数据文件说明,定义样本类型(HerB=Herslev底栖型、HerNR=Herslev非繁殖型、RoP=Rømø浮游型、RoNR=Rømø非繁殖型),并说明甲基化评分依据及数据处理方法
- 文件名称:
MS-AFLP_data.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:含两个工作表:
msap_transformed.MSL Data:经msap工具转换的数据,含165个基因座(m1-m165),甲基化敏感位点(MSL)标注为1(未甲基化)、2(甲基化/半甲基化)、NA(无信息)
msap_calc_Mix2_transformed data:混合计算转换后的数据(具体内容未完全展示)
数据来源
论文“DNA methylation and potential for epigenetic regulation in Pygospio elegans”
适用场景
- 表观遗传学研究:分析Pygospio elegans不同发育模式个体的DNA甲基化谱差异,探讨表观遗传调控机制
- 发育生物学研究:探究DNA甲基化对多毛类蠕虫幼虫发育模式转变的影响
- 海洋无脊椎动物分子生物学研究:验证海洋生物的DNA甲基化存在性及相关基因功能
- 环境表观遗传学分析:对比不同栖息地(Herslev/Rømø)个体的甲基化差异,研究环境对表观遗传的作用