数据集概述
本数据集为北美东部8种常见白橡树核DNA条形码研究及植物园杂交分析相关数据。研究通过RAD-seq技术开发含80个SNP的条形码工具包，结合MassARRAY技术验证，分析Morton Arboretum中移栽橡树与本地树种的杂交情况。包含5个文件，涉及SNP提取脚本、不同筛选阶段的SNP矩阵及基因座序列压缩包。
文件详解
- SNP_extract_stringent_approach.sh
- 文件格式：SH
- 字段映射介绍：用于严格提取SNP的脚本文件，支持RAD-seq数据处理中的SNP筛选流程
- Sequenome_SNP_matrix_potentialparents.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：潜在亲本的SNP矩阵表格，包含亲本样本的SNP基因分型数据
- Sequenome_SNP_matrix_2ndscreen.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：二次筛选后的SNP矩阵表格，记录经过第二阶段筛选的SNP分型信息
- Sequenome_SNP_matrix_1stscreen.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：初次筛选后的SNP矩阵表格，记录第一阶段筛选得到的SNP分型数据
- Oakcoding_locus.fasta.zip
- 文件格式：ZIP（压缩包内含FASTA文件）
- 字段映射介绍：橡树编码基因座的序列压缩包，包含用于DNA条形码开发的基因座序列数据
数据来源
论文“A nuclear DNA barcode for eastern North American oaks and application to a study of hybridization in an Arboretum setting”
适用场景
- 植物DNA条形码开发：用于验证RAD-seq结合MassARRAY技术在橡树等木本植物中开发多物种SNP条形码的可行性
- 橡树物种鉴定：利用SNP矩阵数据实现北美东部白橡树的快速、准确物种区分
- 植物杂交研究：分析植物园中移栽橡树与本地树种的杂交率及基因交流模式
- 进化生物学研究：探究橡树属物种间的亲缘关系及杂交后代的遗传结构特征
- 分子生态学应用：为木本植物群体遗传学研究提供高效的SNP分型工具与数据参考
