数据集概述
本数据集围绕RAD-seq系统发育学中的缺失数据误解展开，分析10个RAD-seq数据集的缺失数据分布，通过模拟区分突变干扰与测序覆盖度导致的缺失模式，并以开花植物荚蒾属为实证案例，探讨测序深度对系统发育信息的影响，提供实用建议。
文件详解
- 数据文件：
- SRA_metadata_final.csv：CSV格式，包含SRA生物项目元数据，字段示例有bioproject_accession（生物项目编号）、sample_name（样本名）、library_ID（文库ID）、platform（测序平台）等
- 文档文件：
- DRYAD_fig_S1.pdf：PDF格式，补充图表S1
- DRYAD_fig_S2.pdf：PDF格式，补充图表S2
- DRYAD_fig_S3.pdf：PDF格式，补充图表S3
- DRYAD_fig_S4.pdf：PDF格式，补充图表S4
- DRYAD_fig_S5.pdf：PDF格式，补充图表S5
- DRYAD_fig_S6.pdf：PDF格式，补充图表S6
- DRYAD_tab_S1.pdf：PDF格式，补充表格S1
适用场景
- 系统发育学研究：分析RAD-seq数据缺失模式对深层系统发育关系解析的影响
- 测序方法优化：探讨测序覆盖度与缺失数据的关联，指导实验设计
- 生物信息学分析：开发区分突变干扰与覆盖度导致缺失数据的算法
- 植物进化研究：以荚蒾属为案例，研究开花植物长期演化的分子证据
