数据集概述
本数据集为秀丽隐杆线虫(C.elegans)行为数据库的一部分,记录了syg-1基因敲除品系RB2615的行为实验数据。实验于2010年7月27日开展,使用tierpsy软件追踪成年雌雄同体线虫在NGM培养基上的运动行为,包含视频特征、行为参数等数据文件,可用于研究syg-1基因对秀丽隐杆线虫行为的影响。
文件详解
- 行为特征文件
- 文件名称:syg-1 (ok3640) on food L_2010_07_27__14_44_1228_features.hdf5
- 文件格式:HDF5
- 字段映射介绍:存储由tierpsy软件提取的线虫行为特征数据,包含运动轨迹、身体姿态、速度等行为参数。
- 行为数据压缩文件
- 文件名称:syg-1 (ok3640) on food L_2010_07_27__14_44_1228.wcon.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:压缩存储线虫行为数据的wcon格式文件,包含标准化的行为轨迹和时间序列数据。
- 核心数据文件
- 文件名称:syg-1 (ok3640) on food L_2010_07_27__14_44_1228.hdf5
- 文件格式:HDF5
- 字段映射介绍:存储实验的原始追踪数据,包含26768个分割骨架数据、每秒30.03帧的视频采样信息、像素与微米的映射关系(每像素4.49333微米)等。
数据来源
MRC Laboratory of Molecular Biology William R Schafer实验室
适用场景
- 神经发育基因功能研究: 分析syg-1基因敲除对秀丽隐杆线虫行为模式的影响,探究该基因在神经发育中的作用。
- 线虫行为学实验方法验证: 基于标准化实验方案(E. Yemini et al.方法),验证线虫行为追踪实验的可重复性。
- 行为分析软件性能评估: 以tierpsy软件提取的特征数据为基础,评估其在线虫行为特征提取中的准确性和效率。
- 基因-行为关联分析: 结合基因敲除背景与行为数据,建立syg-1基因与线虫运动、觅食等行为的关联模型。