数据集概述
本数据集包含热带城乡交错带小型哺乳动物的宿主-微生物组关联研究数据，涵盖16Sv4 rRNA基因测序数据、生物信息学分析脚本、样本元数据及统计分析文件，为探究宿主物种、环境因素与微生物组的关系提供支持。
文件详解
该数据集由测序数据清单、生物信息学文件、统计分析数据及脚本组成，具体说明如下：
- 测序数据清单文件:
- file_checklist_project_PRJEB81284.tsv: TSV格式，包含245个样本的ENA项目信息（样本ID、研究ID）、测序参数（仪器型号、文库信息）及测序文件（正反向读段文件名与MD5值）
- 生物信息学文件:
- script_qiime2_Borneo_sm_microbiota.sh: SH格式，用于通过QIIME 2分析16Sv4序列生成扩增子序列变体（ASVs）的Bash脚本
- metadata_qiime2_Borneo_sm_microbiota: 无格式，运行上述脚本所需的元数据，含样本ID、个体ID、物种、捕获地点、UTM坐标、性别及年龄
- 统计分析数据文件（R_data_Borneo_sm_microbiota.zip）:
- dataset_samples.csv: CSV格式，245个小型哺乳动物粪便样本的个体信息，含样本ID、物种、捕获地点、UTM坐标、性别、年龄等9个字段
- dataset_environment.csv: CSV格式，3541个捕获地点的环境与物种存在数据，含土地覆盖类型、4个物种的存在-缺失信息等20个字段
- dataset_asv.txt: 文本格式，245个样本的ASV丰度表，含6109个ASV及对应序列数
- dataset_taxonomy.tsv: TSV格式，ASV的分类信息，含ASV编码、分类地位（域到种）及置信度
- ASV_phylogenetic_tree.nwk: NWK格式，ASV的系统发育树
- host_species_trees.nex: NEX格式，小型哺乳动物物种的系统发育树（来自vertlife.org）
- ANCOMBC_palette_families.csv: CSV格式，ANCOMBC结果图（图5）的颜色 palette
- legend_bacterial_families.rds: RDS格式，微生物组组成图的细菌科颜色图例
- 统计分析脚本文件（R_scripts_Borneo_sm_microbiota.zip）:
- 含10个R脚本，对应数据预处理、相对出现概率计算、微生物组组成分析、α/β多样性分析、ANCOM-BC差异丰度分析等步骤，可生成研究中的5幅核心图表
适用场景
- 宿主-微生物组研究: 分析小型哺乳动物物种、环境因素对肠道微生物组组成的影响
- 入侵生物学研究: 比较本地与入侵物种的微生物组差异及对环境的适应性
- 环境生态学研究: 探究土地利用强度对小型哺乳动物分布及微生物组的作用
- 生物信息学方法应用: 验证QIIME 2分析流程及微生物组统计方法（如GDM、ANCOM-BC）的有效性
- 空间生态学分析: 结合UTM坐标研究小型哺乳动物分布的空间格局与微生物组关联性
