数据集概述
本数据集围绕人肺移植后的微生物生态学研究，包含16S rRNA扩增子测序数据、微生物培养信息、元数据及相关分析文件，覆盖样本原始与处理后测序质量报告、OTU丰度分类表、培养菌株信息、机器学习分析结果等，为肺移植后肺部微生物群研究提供全面数据支持。
文件详解
- 测序质量报告文件：
- All_BAL_samples_raw_fastqc.zip：原始测序数据FastQC报告压缩包，包含合并后样本的质量评估结果
- All_BAL_samples_processed_fastqc.zip：处理后测序数据FastQC报告压缩包，包含修剪和整理后合并数据的质量评估结果
- 补充数据表文件：
- Supplementary_Data_1.xlsx：16S rRNA扩增子测序信息表，含样本OTU相对丰度、分类学数据（无阴性对照）
- Supplementary_Data_2.xlsx：16S rRNA扩增子测序信息表，含阴性对照OTU相对丰度、分类学数据
- Supplementary_Data_3.csv：OTU在234份BALF样本中的丰度与流行度统计表
- Supplementary_Data_4.xlsx：肺部微生物培养集（LuMiCol）菌株列表，含约300株菌株的样本编号、培养条件、分类学信息
- Supplementary_Data_5.xlsx：OTU-菌株匹配汇总表，含16S rRNA基因序列匹配的菌株信息、LuMiCol代表菌株数量及培养偏好
- Supplementary_Data_6.zip：无监督机器学习分析文件压缩包，含Genocrunch生成的PAMs（肺型）分析参数文件、轮廓图等
- Supplementary_Data_7.csv：患者与样本相关的详细元数据表
- 代码与数据压缩包：
- sudu87/Microbial-ecology-of-the-transplanted-human-lung-v2.1.zip：GitHub仓库相关代码与数据压缩包
适用场景
- 肺移植后肺部微生物群结构分析
- 微生物培养与测序数据关联研究
- 肺部微生物群分类单元（OTU）丰度与流行度特征研究
- 肺移植患者微生物群与临床元数据相关性分析
- 微生物培养条件与菌株偏好性研究
- 基于机器学习的肺部微生物群分型（pneumotypes）研究
