数据集概述
本数据集通过GeoMx全人类转录组数字空间分析技术，解析了衰竭人类心脏的空间基因表达谱，结合细胞类型、临床及组织学特征，揭示细胞类型特异性基因调控及组织学特征相关基因表达，为心力衰竭研究提供数据支持。
文件详解
该数据集由多个目录和文件组成，具体说明如下：
- 输入数据文件（位于Inputs/目录下）：
- Spatial_staining.csv：CSV格式，包含Block number、Core number、PLVAP_S、ACKR1_S等空间染色相关字段
- Spatial_Annotation.csv：CSV格式，包含Scan.name、TMA.block、ROI..label.等空间注释相关字段
- Probe_QC_1percfilter.csv：CSV格式，探针质量控制数据文件
- gene_list.csv：CSV格式，基因列表数据文件
- InitialDataset.csv：CSV格式，初始数据集文件
- Multiplex IHC cell count and density/TMA_Results_PLVAPACKR_20231228_cellcountanddensity.csv：CSV格式，多重免疫组化细胞计数与密度数据
- 脚本与笔记本文件：
- ScriptsandNotebooks(Initiallabel)/目录：包含Initialdraft_Figure2_20230610_DEcomparison_clean.ipynb等Jupyter Notebook文件（.ipynb格式），用于数据处理与分析
- Scripts(Finallabel)/codes/目录：包含Supplementary_Fig_1.Rmd、Fig_3B_DCM.Rmd等R Markdown文件（.Rmd格式），用于生成图表
- 图片文件（位于Pictures(Initiallabel)/目录下）：
- GeoMx_Figures/：包含79-2-GeoMx_ROI.png、Figure1G_noseg.png等PNG格式图片
- Histology_Figures/：包含Figure5A_TMA-PR79(1)_10.0x_degeneration_PRA79_1_B10.jpg等JPG格式组织学图片
- MultiplexIHC_Figures/：包含Figure5H_57-52-69-78_10x_CD34_v3.tif等TIFF格式多重免疫组化图片
- TMA_Figures/：包含79-2-GeoMx_ROI.png、14.jpg等TMA相关图片
适用场景
- 心血管疾病研究：分析心力衰竭状态下心脏组织的空间基因表达特征
- 细胞生物学研究：探究心肌细胞、内皮细胞、成纤维细胞等细胞类型的特异性基因调控
- 转化医学研究：结合临床信息与组织学特征，研究心力衰竭不可逆结构变化的关键节点
- 生物信息学分析：开发空间转录组数据分析方法与工具
