数据集概述
本数据集包含大豆胞囊线虫（SCN）抗性位点Rhg1的进化与选择研究相关数据，涉及全基因组测序、PCR检测、等位基因变异分析等内容，记录了Rhg1位点31.2kb重复单元的序列变异、拷贝数变化及选择信号，支持大豆线虫抗性基因的遗传机制研究。
文件详解
- 说明文档类（.txt格式，共8个）
- 文件名称：README_for_Rhg1_CNV.txt、README_for_10SNPs.txt、README_for_Scripts.txt、README_for_subpopulation.txt、README_for_VCF.txt、README_for_WGS_S1toS3.txt、README_for_Newick.txt、README_for_Infinium_1.5Mb.txt
- 内容：分别对应不同数据文件的说明文档，解释数据来源、格式及使用方法
- 压缩文件类（.zip格式，共4个）
- 文件名称：subpopulation.zip、Newick.zip、Scripts.zip、VCF.zip
- 内容：包含亚群数据、Newick格式进化树数据、分析脚本、VCF变异数据的压缩包
- 系统发育数据类（.phy格式，共2个）
- 文件名称：Infinium_1.5Mb.phy、10SNPs.phy
- 内容：基于Infinium 1.5Mb芯片数据和10个SNP位点的系统发育分析数据
- 脚本文件类（.sh格式，共1个）
- 文件名称：Rhg1_CNV.sh
- 内容：用于分析Rhg1拷贝数变异的Shell脚本
- 表格数据类（.xlsx格式，共1个）
- 文件名称：WGS_S1toS3.xlsx
- 内容：全基因组测序样本S1至S3的相关数据表格
数据来源
论文“Evolution and selection of Rhg1, a copy-number variant nematode-resistance locus”（作者：Tong Geon Lee等，2015）
适用场景
- 大豆线虫抗性基因遗传机制研究: 分析Rhg1位点拷贝数变异与SCN抗性表型的关联
- 植物基因组选择信号分析: 探究Rhg1位点的进化选择模式（如平衡选择）
- 大豆种质资源抗性筛选: 利用SNP标记和拷贝数数据鉴定携带抗性Rhg1等位基因的大豆材料
- 农业生物技术应用: 为大豆抗线虫分子育种提供基因位点和标记开发的数据支持
- 基因组变异分析方法验证: 基于VCF文件和全基因组测序数据，测试拷贝数变异检测算法的准确性
